唐高宗年間，汴州縣令汪子峰一家突遭橫禍，全家上下慘遭殺害，主人公狄仁杰被歹人陷害含冤入獄。狄仁杰的隨從墨雨救主心切，帶領數十百姓攔路喊冤，求救於途徑此地的河南黜陟使閻立本。幾經波折，墨雨的誠意打動黜陟使大人，閻立本不顧統領趙寶的阻攔答應前往獄中會見狄仁杰。不料，趙寶請出聖旨要求閻立本速速回朝，就在閻大人領旨回朝之際，墨雨不顧危險用炸藥炸毀山路，懇請閻大人在汴州停留為狄仁杰伸冤。閻立本頗為動容，隨墨雨前往獄中探望。來到獄中，閻立本見狄仁杰身無枷鎖自由出入牢房，一眾犯人皆高唱歌謠，讚頌狄仁杰，控訴駐軍首領蕭朝天。

狄仁杰證明了他自己不是殺死汪子峰的兇手，蕭朝天也得到了應有的報應。紅巾表示此處也沒有她與藍淩的事，不過藍淩卻指出她與紅巾之間的事還沒有結束。閻立本感慨若不是昨晚臨行前狄仁杰振聾發聵的一番言語，他可能已經成了另外一個汪子峰，從此受蕭朝天的控制。當然，閻立本也要感謝炸毀官道的墨雨，否則汴州也沒有驚心動魄的漫漫長夜。閻立本欲推薦狄仁杰去長安為官，狄仁杰推辭，他更願意留在汴州，遠離廟堂，這樣可瞭解百姓的疾苦，為百姓做點實事。紅巾與藍淩在樹林外欲決鬥，藍淩稱她與紅巾雖然不是親生姐妹，但從小被師父收養在門下，感情如同親姐妹，而狄仁杰說得對，她們不能因為一個男人而傷了感情，兩姐妹和好如初。

慕容清指出蠱毒發作最快需要一個時辰，因此不能說出午時之後行蹤的人便是兇手。蔣昊晨審問仇一帆午時之後在什麼地方，結果仇一帆沒有回答，而是一直望著門口。在遠處的狄仁杰自言自語道既然不是仇一帆殺的王昭燕，那仇一帆為何一直看著門口，不過狄仁杰也知道王昭燕確實不是仇一帆所殺。仇一帆無話可說，蔣昊晨下令將仇一帆收押進大理寺候判。此時常振風站了出來，他指出誰要敢動仇一帆，得先過他這一關。結果仇一帆卻對常振風動手後逃回屋內，閻立本下令抓住仇一帆。慕容清冷靜地說不需要，因為仇一帆逃不出她的一根線，再說仇一帆也是她引出狄仁杰的魚餌。

世間根本沒有自己掐死自己的毒，狄仁杰完全不接受慕容清的說法。慕容清生氣地說是狄仁杰孤陋寡聞，並讓慕容寶與她離開。長安城已經全城戒備，蔣昊辰勸慕容清回客棧休息。慕容清稱她要離開長安城自有辦法，不過現在心情好，想要去西市逛逛。蔣昊辰在酒館準備了一桌酒菜，邀請狄仁杰與墨雨一起用餐。街上很亂，慕容寶勸慕容清還是回客棧，再說姑姑可是讓她保護慕容清的安全的，若出事了，她如何向姑姑交代。慕容清表示她現在是藥王山莊莊主，要解雇慕容寶。常振風帶著長樂幫的弟兄四處尋找狄仁杰，而狄仁杰與蔣昊辰均發現了常振風。

慕容清走了出來，承認自己研製出了毒藥“捏死我的溫柔”的樣品，蔣昊辰將所有人押往感業寺，並請來閻大人聽審。在感業寺內，慕容清說出了王昭燕之死的真相，原來王昭燕另有心上人，不願嫁與仇一帆，懇請慕容清幫助自己假死然後和情郎遠走高飛，慕容清為其配製了苗蠱，之後發生了婚禮慘死一幕。慕容清繼而道出“捏死我的溫柔”一毒與普世殿密殺一案關係密切，並說出一代毒師洛紅塵以及“紅塵六絕”的厲害。

王昭燕給慕容雲穿上了最可怕的衣服——解鈴還需系鈴人，同時指出只要慕容雲交出女為悅己者容，她便放過慕容清和藥王山莊的所有人。狄仁杰與慕容清趕回山洞，卻見已經穿上那件衣服的慕容雲。慕容清欲幫姑姑解開那件衣服，但結果只是徒勞。姑姑知道洛紅塵當年打造這件衣服，目的就是讓穿的人受盡臨死前的折磨，而讓救的人受盡救不了人的痛苦，所以這件衣服才會成為世界上最可怕的衣服。狄仁杰問姑姑是不是殺了洛秋山，而她在知道王浩德的事後，所以才加派了藥王山莊的守衛，是怕王昭燕來復仇。姑姑承認是她殺了洛秋山，而王浩德也跟那件事有關。她勸狄仁杰不要再追查王浩德的案子，因為有些人是惹不起的。臨死前，姑姑還附耳同慕容清說了一些話。

王昭燕在普世殿的密室里找到了解鈴還需系鈴人，這個時候王浩德近來了，她就躲在殿中不出來。狄仁杰指出王浩德進入殿中是為了救王昭燕，因為他懷疑殺死御醫的凶手仍然在殿中，所以讓閻立本加派人手和王浩德一起搜查普世殿。可王浩德害怕他先找到王昭燕，所以先他一步進入殿中。王昭燕解釋王浩德進殿並不是為了救她，而是向她認罪。王昭燕指責王浩德一早就知道她的真實身份，王浩德承認他確實是當年殺死洛秋山的凶手之一，這一生做得最后悔的事就是殺死洛秋山。王昭燕一開始還不敢相信，十年來，她把王浩德當救命恩人，現在她要替哥哥洛秋山報仇殺了王浩德。王浩德解釋他收養王昭燕是不想讓別人知道她是洛秋山的妹妹，為了保護她，不然她的下場就會跟洛秋山一樣

捏死我的溫柔隨風擴散，所以放毒的人十之八九藏身在上風之處，狄仁杰交代慕容清他們注意風向。離開時，慕容清特地交代狄仁杰不能把身上的銀針拔下，否則性命難保。狄仁杰邀請武媚娘同他一起進普世殿，而武媚娘在此修行三年，狄仁杰讓武媚娘幫忙回憶每一個東西所放的位置，他要把那些東西全部恢復原樣。眼下有三件事必須完成，進宮面聖、找出放毒的人和救狄仁杰，三件一件都不能少，不分頭行事肯定不能完成。閻立本決定自己一個人進宮，慕容清稱這也不失為一個好辦法，她讓墨雨去找出放毒的人，她則回去救狄仁杰。

狄仁傑發現觀音像很像洛秋燕，找到了可以破解普世殿所有秘密的因果之線。觀音像是洛紅塵依照他妻子的相貌雕造出來，因為洛紅塵為了打造六絕而廢寢忘食冷待妻子，內心愧疚卻又不能自拔沉浸在六絕之中，於是為了懺悔而建成了普世殿並把寶藏的秘密藏在了普世殿。普世殿就是洛紅塵懺悔一生的殿堂。春雨綿綿妻獨宿根本不是謎語，而是洛紅塵妻子一生的寫照，也是洛紅塵的原罪。

客棧假老闆娘被識破後只得逃跑，墨雨在柴房看見真正的老闆的屍體便確認那個假老闆娘是兇手。狄仁杰與墨雨追了出去，但在追了一段路後，狄仁杰說不追了，因為一個武功如此高強的女人殺人根本不用流一滴血，可那女子留下的線索太明顯，狄仁杰猜測女子是有意讓他懷疑是殺人兇手，引起他的好奇心去銷金窩。女子之前講銷金窩的殺人事件也是同一個目的，就是引誘他們去銷金窩。

聽著獨孤峰說昨晚的情況，狄仁杰便明白為何會有人說是風中重生，夜鷹復仇。烈陽就是被守護風之沙城的夜鷹大神所殺，頭也是被硬生生地扯下來，而飄在天空的女鬼正是七年前風之沙城的城主。獨孤峰說起昨晚花非花沒有受傷，而是昏睡在榻上，還有點衣衫不整。霸千秋便推論是花非花與烈陽所賭的就是七年局的信物，最後花非花輸了不惜犧牲色相來換取。烈陽不為所動，花非花就動了殺機。大漠曾經有一座神秘的風之沙城，卻被霸千秋給毀滅，還殺了城主加瑪麗。加瑪麗死前向霸千秋下了血咒，七年之後，加瑪麗重生之時，夜鷹大神便會顯靈，為風之沙城復仇。

狄仁杰讓紅巾藍淩隨他與墨雨一起去鯉躍門吃個早飯，而這頓早飯不要他們付錢，店小三會做東。狄仁杰知道店小三也是長街的殺手，但在早上長街的殺手攻擊離開銷金窩的人的時候，店小三根本沒有出手。狄仁杰知道店小三已經厭倦了為人賣命的日子，只想在這個鯉躍門謀取利益，所以求安穩就是店小三的弱點。狄仁杰知道紅巾和藍淩來銷金窩是另有所圖，但他希望紅巾和藍淩再幫他一個忙，就是找銷金窩現在所剩的人來問話，問他們是在什麼地方聽到的女鬼的聲音。在一番問話後，藍淩發現極樂大牢直到大街和城門的方向可以聽到女鬼的聲音，其他位置都聽不到。只是奇怪女鬼在天上飛，為何地上的人卻是聽到耳邊唱歌。

雖然現在不知道兇手是誰，也沒有查清幫兇的真實身份，但狄仁杰敢肯定加瑪麗複生、夜鷹大神復仇全都是假的，只是兇手佈置的一個殺局，而兇手一個人是完成不了這些事情，因此花非花不是兇手，所以霸千秋把花非花交給馬賊王也沒有用，因為就算霸千秋把花非花交給馬賊王，銷金窩也難逃一劫。七年局就是一個不詳的賭局，狄仁杰勸大家不要再繼續了，否則死的人會更多。結果那些賭客都不願退出，霸千秋便宣佈七年局今晚戌時如常舉行。

狄仁杰奇怪是誰為加瑪麗設的靈位，又是誰供奉的鮮花。狄仁杰將無字天碑放在加瑪麗冰棺前面一隻鷹的機關裡，隨後發現無字天碑上有磁石所磨成的粉末。狄仁杰頓時明白無字天碑的夾層內藏著由鐵絲所組成的文字和圖形，只要沾上磁粉就能顯現出來。狄仁杰在密室裡面找到好幾個箱子，結果箱子全都是空的，根本沒有所謂的寶藏和藍田玉石

墨雨拿著那支花找到飄飄，飄飄指出那花叫風中忘我，只有在風之沙城才能生長的花。墨雨指出加瑪麗生前很喜歡這個花，而飄飄特地種了這種花供奉加瑪麗，他問飄飄與加瑪麗是什麼關係。飄飄稱加瑪麗是她的姐姐，此時紅巾著急忙慌地跑來說極樂大牢出事了。狄仁杰與馬賊王見面，馬賊王說他可不會因為狄仁杰不懂武功而手下留情。狄仁杰知道馬賊王喜歡殺人，所以他沒有十足的把握是不會與馬賊王打這個賭的。而他用生命做賭注，就問馬賊王一個問題。狄仁杰接了馬賊王一招不死，馬賊王指出現在離日落還有一個時辰的時間，銷金窩會毀在他的手中，而他念狄仁杰是條漢子，勸狄仁杰不要再回銷金窩而是去逃命。狄仁杰不會逃，因為他的朋友正在銷金窩裡等著他。

宴會上，伶人排演了三把寶劍的故事，師爺聽了指責伶人胡編亂造，因為三鐵騎與將軍共生死，不可能殺死將軍。伶人委屈又害怕地表示是黑風寨送來的戲本，他們也只是照著排演。師爺向濮王解釋是他安排不妥，濮王指出中間定有誤會，他提出先讓伶人們下去，以免壞了今晚的興致。上官將軍急急來報曲大人死在了前廳，黑風寨可能有刺客，而他已經將黑風寨團團護住。上官將軍擔心濮王的安全，便打算護送濮王和慕容清離開黑風寨，同時下令其他人等一律不得出入黑風寨。此時又有人來報武殿著火了，而三把寶劍不見了，只見劍鞘。黑風寨是十分地危險，上官將軍已經將曲沖的死訊上報給朝廷，現在護送濮王和慕容清離開。

上官將軍帶兵包圍了黑風寨，卻發現黑風寨的人好像全都逃走了一樣。但上官將軍一直駐守在山下，肯定黑風寨的人沒有逃。狄仁杰帶著大家騎著馬在原地打轉，目的是把士兵引過來，然後他們再沖向山谷。大當家一直聽說狄仁杰斷案如神，卻不料狄仁杰也有領兵作戰的才能。狄仁杰解釋他也沒有十足的把握，但這是老天在幫忙。上官將軍聽到了馬奔跑的聲音，於是帶兵往狄仁杰他們這邊趕來過來。

武殿的大火並非是將軍的復仇之火，狄仁杰指出箭堆正是點燃大火的起點，真正點火的人不是守衛，一切都是有人事先設計好。點燃火的不是人，也不是將軍的鬼魂，而是銅像的護心境。兇手是利用太陽照射護心境的時間和反射光線來控制大火，大火燃燒和曲沖被殺是同一時間，狄仁杰懷疑設計武殿大火一案的人必定是熟悉武殿的人，而對武殿熟悉的人只有黑風四虎，他們現在是離真凶更近一步了。

狄仁杰在回黑風寨的山路上想著神七說的那首詩時遭一黑衣人襲擊，幸得慕容清及時出現並救下狄仁杰。黑衣人趁慕容清不備時將手中劍扔向狄仁杰，慕容清替狄仁杰擋下那一劍，結果手臂卻不幸地被有毒的暗器所傷。狄仁杰拉著慕容清躲避黑衣殺手的追殺，兩人一同掉下山崖。狄仁杰遲遲未歸，墨雨與紅巾十分擔心，此時濮王的人過來通知說狄仁杰可能出事了，因為濮王派慕容清暗中保護狄仁杰，並告知無論歸來與否都得報平安信，可直到現在濮王還沒收到慕容清的平安信。紅巾不願相信慕容清在暗中保護狄仁杰，墨雨指出現在不是糾結此事的時候，而是得趕緊去山林中找狄仁杰。

紅巾指出不能僅憑藍淩是孤兒就判定藍淩是將軍的後人，墨雨稱藍淩整個宴會都沒有離開，因為他喜歡藍淩，所以一直看著藍淩，因為喜歡藍淩。二當家請狄仁杰將他當作兇手交給朝廷，這是兩全之策，再說兇手沒錯，只是想報仇，而他也正好贖罪。狄仁杰沒有答應。墨雨讓狄仁杰不要將他剛剛跟二當家說的話告訴藍淩，稱他急中生智是為了救藍淩。狄仁杰知道墨雨不會為了救人而撒謊，所以他指出墨雨在宴會上一直看著藍淩是真的。紅巾沒想到墨雨暗戀藍淩，不過她向墨雨保證不會告訴藍淩這件事。

玉珍公主發出請柬，邀請王皇后和蕭淑妃前去三清觀打醮，王、蕭二人都感到媚娘的存在對自己是個威脅，兩人同時求籤，不料二人之簽竟然相同。玉珍公主引二人前往道姑季玄瑜處聽解簽，季玄瑜道出武媚娘乃是修行五百年的狐狸精，要加害於皇上，勸王、蕭二人化敵為友共同對付武媚娘。

當夜，李治再次聽到媚娘寢殿的敲門聲，但媚娘卻仍然酣睡如常，季玄瑜的話不斷迴響在李治耳畔，李治不禁汗毛倒立驚悚萬分，遂倉皇離去。狄仁杰回到汴州，輔佐知府大人斷案，閻立本突然造訪，道出宮中一系列變故，季玄瑜用照妖鏡將媚娘顯形，高宗將其軟禁，其後讓閻立本暗中找狄仁杰進京查明真相。狄仁杰率墨雨及紅、藍姐妹跟隨閻立本進宮面聖，在太監王福的幫助下，主僕四人扮成太監宮女混入後宮，分派到武媚娘寢殿負責照顧武媚娘。寢宮內，狄仁杰再次與武媚娘相會，並得到重要證據。

關於季玄瑜的身世來歷，天機堂竟然沒有任何記載，狄仁杰從申天命之處知道了透光鏡的存在，時蔣昊辰將無字天碑交于申天命，並說出此物與“紅塵七絕”有關。朝堂之上，李治再次提及接濮王回京參加祭祖大典，長孫無忌竟然首肯，但要求大典結束後濮王必須速速離京。狄仁杰命藍綾、紅巾偷取季玄瑜的鏡子研究，自己和墨雨出宮找城隍探尋季玄瑜的消息，沒想到其背後的勢力是城隍都不能說，卻從城隍口中得知世上還有神鏡書生可造透光鏡。

今天還是白粥素菜，墨雨抱怨冷宮的伙食太差，狄仁杰給墨雨看他一早溜出宮在長安鳳祥記買的小籠包。宮裡在議論季玄瑜要在中秋那日表演白日飛升，人選就是大理寺丞申天命和一個叫鶯鶯的女囚。狄仁杰來到冷宮，卻見到給武媚娘治病的慕容清，兩人相對無言。武媚娘向狄仁杰解釋慕容清現在是太醫署的醫女，而慕容清已經忙了一個晚上，武媚娘安排狄仁杰將慕容清送回去。狄仁杰感謝慕容清給武媚娘看病，只是不明白慕容清為何出現在太醫署。慕容清說太醫署名醫雲集，是個鑽研和學習的好地方，難道她報考太醫署有錯。狄仁杰想不通慕容清離他而去目的就是為了鑽研醫術。

季玄瑜選狄仁傑去壓宅，皇上說正是大好時機，也是狄仁傑最後的機會了。狄仁傑和墨雨給武媚娘送飯，可武媚娘卻傷心難受。明兒就是中秋，也是弘兒來到人間的第一個中秋，可弘兒卻要在冷宮中度過，武媚娘自責是她這個做母親的連累了弘兒。狄仁傑安慰武媚娘，勸武媚娘再挺一挺，一切都會過去的。太宗年間，武媚娘入宮為才人，獲太宗寵愛，後來無端端地便被冷落貶為宮女。遇到了當時還是太子的皇上，才知道何為情愛。不久太宗病逝，武媚娘被送往感業寺削髮為尼，幸得皇上未忘前情把她接入宮中。雖一波三折，終於還是順利地誕下皇兒，她不明白自己為何要遭受如此多的考驗。狄仁傑安慰武媚娘，是看武媚娘有沒有勇氣跟這個命運鬥爭。

狄仁杰見到神鏡書生，神鏡書生聽說過透光鏡的事情。銅鏡書中說鏡子背面的圖案可以在強光的照射下投到牆上，可狄仁杰看過季玄瑜的那面銅鏡，鏡子的背面根本沒有任何狐狸的圖案。神鏡書生懷疑問題不是出在銅鏡的背面，而是照鏡子之人。

禾大人之前在長安有幾處舊宅，狄仁杰安排紅巾和藍淩去那舊宅裡看有什麼線索，同時安排閻立本回到宮中繼續關注飛升的事情。紅巾和藍淩剛來到那處宅子的門口，就聽路過的百姓說這座宅子裡鬧鬼，晚上經常有女人的哭聲。紅巾和藍淩來到院子，發現這並不是荒宅，而是有人居住，紅巾懷疑住在這裡的是那個跟季玄瑜長得一模一樣的兇手。紅巾和藍淩在床鋪上發現道姑的衣服和一把拂塵，此時卻突然飛來一群蝙蝠，藍淩的眼睛不幸被蝙蝠給啄傷了。

季玄瑜向皇上稟告長孫大人已經飛升了，而她與長孫大人相識一場，這是她應該做的。突然書齋內傳來打鬥的聲音，正欲離開的皇上決定回書齋一探究竟，季玄瑜很是緊張。皇上看見墨雨與一個跟季玄瑜長得一模一樣的人在打鬥，狄仁傑向皇上解釋那人便是季玄瑜的孿生妹妹，而長孫大人並沒有飛升，狄仁傑請皇上隨他去一次書齋，他定幫皇上把長孫大人找出來。狄仁傑帶皇上來到書齋內，果真看到暈倒在地的長孫大人。狄仁傑給長孫大人喂了一藥丸，長孫大人很快便醒來。長孫大人說起昨日狄仁傑來找過他，而他不但不聽，還將狄仁傑趕了出去。

狄仁杰前去慕容清為藍綾醫治眼睛，紅巾阻攔無果，氣憤出走，墨雨連忙追上前去加以寬慰。狄仁杰向慕容清表示感謝，慕容清卻道此事乃醫女本分與他不相干。狄仁杰繼續搜尋證據，夜晚約陳征來到獨步林，為陳征再現鬼軍出現的場景，但陳征卻不相信狄仁杰的推斷。守衛小順的失蹤，引得眾人來到林中小屋，看到鬼將軍高舉巨石殺死小順，陳征回憶父親殘缺手臂是被大力鵬將軍扯斷，相信鬼將軍鬼魂作祟，並請道士做法封了獨路林，狄仁杰勸說無果，道士作法之後要求中元節前不允許任何人踏入林中半步，陳征答應派人看守。狄仁杰推測鬼將軍力舉巨石之謎，發現鐵樺木的蹊蹺。

紅巾和墨雨感情受挫酒館買醉，二人決心在一起。狄仁杰懇請陳征借兵讓其入林，被陳征拒絕。狄仁杰遇到慕容清，二人散步談心，對彼此關係的惡化狄仁杰痛心無比。二人路遇迷路小童，一問之下方知家住李記糖葫蘆附近，糖葫蘆亦是慕容清兒時愛食，瞬間勾起二人的美好回憶。

紅巾無心的一句話反而提醒狄仁杰想起洛紅塵的原罪，請來淩霄牧帶領士兵幫忙搬動石塔，並在塔內燃起紅燭，看到石壁上的投影，破解了迎日亭石塔陣之謎，得到了洛紅塵留下的一封信與一袋碎石。根據信中的提示，狄仁杰準備尋找荒塚，淩霄牧上前舉薦城內一名老石匠，狄仁杰卻發覺淩霄牧的手臂有異。狄仁杰帶著墨雨來到老石匠家中，卻發現宅院破落不堪，正欲退出老石匠從石棺內爬出，狄仁杰從老石匠得知洛紅塵修建亡妻墓地的過往。正當老石匠要說出墓地真相之時，卻被飛來的毒針斃命。藍綾道出女人都愛花，老石匠既說不是荒塚，那就有可能是香塚。狄仁杰和墨雨帶上蜜蜂上獨步林多方尋找。孰料，狄仁杰尋寶未果，卻中了荒塚內的瘴毒。

狄仁杰與墨雨去藥店買藥，竟意外破解了鬼將軍舉起巨石之謎。狄仁杰為陳征成功展示了手舉巨石，原來兇手用鐵樺木更換了屋頂的椽木，以這根椽木為秤桿，可以輕易舉起巨石。紅巾再次提出慕容清與案件有關於狄仁杰理論，狄仁杰仍然不肯懷疑慕容清，就在二人爭執不下之時，淩霄牧卻傳來陳征畏罪自殺的消息。陳征死在軍營大堂且留下一封遺書，認下所有罪責，懇請皇上寬恕其家人。狄仁杰在桌案上居然發現了遺失許久的無字天碑，頓悟兇手想利用他找出寶藏，故意將無字天碑留下。紅巾再次說出慕容清的疑點，大家經過分析開始懷疑鬼將軍一案確與慕容清和淩霄牧有關。

生死門被打開，狄仁杰以燒毀糧絕威脅，逼退黑衣人，帶領大家闖入生死門。走到岔路口，狄仁杰決定獨自上路，大家不肯聽從，要求生死與共。狄仁杰只願與慕容清共生死，讓墨雨帶著紅、藍姐妹離開，但大家無人願意獨自偷生，執意留下相伴。狄仁杰和慕容清，墨雨和紅巾、藍綾各自進入一間密室，大家都以為進入死路，準備忘記前塵共度最後時光。狄仁杰和慕容清互吐衷腸，感歎終於打破了見面即時分離的魔咒。

潛龍王知道慕容清寧願死在生死門裡的密室裡，也不願回來慕容清沒有否認。潛龍王感慨大唐有狄仁杰是百姓的福氣，他答應慕容清不到萬不得已，不會傷害狄仁杰。潛龍王給狄仁杰送來一封信，信中說世上只有能醫不自醫能治療藍淩的眼睛，他要求狄仁杰拿就拿捏死你的溫柔來交換。墨雨和紅巾問狄仁杰信中寫了什麼，狄仁杰卻說沒什麼，並讓墨雨和紅巾好好照顧藍淩。狄仁杰可以勘破生死，卻始終無法逃出一個情字。當初狄仁杰是為了參加科舉才離開藥王山莊，造福蒼生是狄仁杰的理想。潛龍王現在要狄仁杰在理想和藍淩的性命中做一個選擇，他非常好奇狄仁杰會如何選擇

狄仁杰一行去看望武媚娘，紅巾奇怪武媚娘怎麼會住在風琴殿，武媚娘便將事情來龍去脈說了一遍。墨雨大罵王皇后心腸歹毒，見武媚娘得寵便三番五次地陷害，他好奇皇上為何不管這件事。武媚娘沒有回答，宮女六月說後宮關係十分複雜，與朝堂勢力盤根錯節，有時就是皇上也沒辦法。而風琴殿之前住著徐婕妤，起初甚得先帝歡心，可是後來不知怎麼就被冷落了。聽著六月說著徐婕妤之事，武媚娘看著徐婕妤的那幅背影畫有些害怕。

狄仁傑前往大理寺查驗小公主的屍體，他發現小公主脖子上的掐痕還在，顏色還更深了。懷疑小公主被掐死只是假像，是兇手用來陷害武媚娘。閻立本向狄仁傑說起若不是他在朝堂上據理力爭，武媚娘恐怕要被處置了。因為長孫大人和褚遂良咄咄逼人，李義府之前一直站在武媚娘這邊，今天竟然臨陣倒戈說是武媚娘神經錯亂，失手殺死小公主的。蔣昊辰如此配合，冒著被削職的危險給狄仁傑他們行方便查驗小公主的屍體。雖說如此，但狄仁傑還是對蔣昊辰心存疑慮。閻立本認為狄仁傑當務之急是找到殺害小公主的兇手，因為朝中只有一個許敬宗跟他站在一起，他擔心再這樣下去後果不堪設想。

紅巾假扮宮女在王皇后身邊說聽見小公主的哭聲，王皇后因害怕而躲開，結果卻來到一個叫鬼門關的地方。狄仁杰一行在所謂的閻羅殿內審問王皇后，害怕恐慌的王皇后承認是她殺死的小公主，找元一道長作法想害武媚娘。只是讓武媚娘遷宮是元一道長的主意，因為武媚娘連生一兒一女獨佔皇上恩寵，這讓王皇后實在無法容忍。王皇后說她沒有掐死小公主，而是元一道長給了她一瓶下了咒的符水，她將那符水塗抹在小公主的脖頸上。

紅巾與王皇后講述一些與小公主相關的事情，還跟王皇后說她聽見小公主的哭聲，王皇后因此非常害怕。狄仁杰指出六月做的事情跟紅巾的是一模一樣，六月一直不停地在講徐婕妤的故事，而武媚娘因皇上的疏遠已經非常難過，加上中了菌毒，在聽了六月的話後會顯得更加恐慌，以至於產生幻覺。六月並不是王皇后的人，而是真正兇手的幕後幫兇。狄仁杰準備去捉拿六月，結果六月卻在花園裡被人殺死了。六月在死前緊緊抓住一隻玫瑰，狄仁杰分析六月是想通過玫瑰讓他們知道兇手是誰。

狄仁杰準備大張旗鼓地尋找元一道長，紅巾不免擔心狄仁杰的安危，但狄仁杰卻一副胸有成竹的模樣，信心滿滿。紅巾與墨雨各種搜尋，但是卻沒有一個人見過元一道長，他們不禁十分著急，兩人尋尋覓覓，最終決定去問問城隍。於是，兩人一起來到城隍廟，城隍果然不負眾望，說出了道長的下落，就在一座破廟之中

武媚娘燒了那封密函，狄仁傑指責武媚娘已經不是他三番五次不顧性命都要救的武媚娘，質問武媚娘究竟是為了什麼。小公主本該在這裡玩耍哭鬧，只是現在卻在冰冷的世界裡。武媚娘提起弘兒受太子和兩個太監欺負，太傅卻什麼都不管，所有的一切都是因為弘兒有一個善良、軟弱、任人欺辱的母親。而皇上沒有保護過武媚娘，只有權利最重要。

慕容清被押著前來延嘉殿用玄絲神針給皇上治病，她要在皇上的百會穴上施針，說是只有這樣才能緩解疼痛。狄仁杰擔心皇上的安危，因此阻止慕容清在百會穴上給皇上施針。皇上現在是生不如死，他表示只要能緩解病痛，哪裡施針都行。慕容清正為皇上施針，一旁的王福突然拿出刀子沖向皇上，慕容清發現後替皇上擋下了這一刀。

狄仁傑和墨雨吃不慣宮中的食物，便親自給他們煮了水餃。墨雨感慨紅巾變得賢慧了，紅巾提起之前都是藍淩做菜之事，而藍淩能為心愛之人死，還是死在心愛之人的懷裡，應該沒有遺憾了。紅巾問墨雨是否有遺憾，墨雨一直在單相思藍淩，他認為暗戀本身就是最美好的遺憾，而他和紅巾兩人是暗戀的同道之人，調侃道他們兩人在一起就沒有遺憾了。

閻立本指出以前明有長孫無忌，暗有潛龍王，狄仁杰他們是無時無刻不在危險當中。正說著話時，有刺客闖入，墨雨、紅巾與刺客交手，終究不敵刺客。刺客拿劍指向狄仁杰，狄仁杰卻沒有絲毫的畏懼。墨雨朝刺客的後背刺下一劍，刺客倒在狄仁杰身上，狄仁杰扯開刺客的面紗，吃驚發現刺客竟然是慕容清，趕緊吩咐墨雨拿藥箱為慕容清療傷。閻立本沒想到第一個來刺殺狄仁杰的竟然是慕容清，墨雨是想留著活口盤問，因此才沒有刺中要害，否則慕容清便沒命了。

狄仁傑明白了，在芙蓉園被他殺死的是假扮的璞王，活過來的璞王也是別人假扮的，而真正的璞王就是當今的皇上。當日慕容清說服皇上到芙蓉園就是個陰謀，那樣璞王可借機將他自己打扮成皇上回到宮中，璞王手中有女為悅己者容，所以想要做到這一點非常容易。皇上稱病將皇位傳給璞王，也就是潛龍王，這樣璞王要坐擁天下便順理成章了。

白樂天追上了狄仁杰等人，雙方大打出手，就在此時慕容清趕到，她要求白樂天放了狄仁杰。打鬥中，慕容清讓狄仁杰跑得越遠越好，永遠不要回皇宮。墨雨獨自一人保護皇上，正在力不從心之際，常振風帶著長樂幫兄弟趕到加入戰鬥。

慕容清請求單獨與狄仁傑說話，眾人散去後，二人互吐衷腸，慕容清糾結于父親與狄仁傑的關係中，最終選擇了跳崖身亡，狄仁傑肝腸寸斷心碎不已。皇上趕回皇宮中，濮王陰謀敗露被抓，皇上下令將其終身囚禁於芙蓉園內。狄仁傑帶著墨雨紅巾回到汴州，懷著對慕容清的思念和愛繼續生活。