咸陽城外，一個偏僻的小山村裡，民風質樸，鄰里和睦，一對老夫妻養育了一個調皮的孩子天明，不安分的他是整個村莊最令人頭痛的物件。某日官兵突然衝進村莊強征青年男子服役，天明帶著同村大毛踏上了徵兵之旅，路途中，二毛因口渴暈倒，天明在為大毛出頭時惹怒官兵，雙方起了衝突，天明受到刺激暈厥過去，醒來時，卻發現秦兵屍橫遍野，奄奄一息的大毛也對天明萬分恐懼。

秦宮內，趙高對始皇報告說是蓋聶救走了天明，始皇大怒，派人追殺兩人，被關押起來的天明正想辦法逃脫，正好遇見端木蓉偷偷跑來救他們，被少羽撞個正著，可此時項氏山莊被秦兵包圍，目標暴露，混亂中端木蓉欲帶著天明蓋聶逃脫，但因寡不敵眾和少羽等人一同被圍，這時，一群帶著黑色面罩的人突然出現擊退秦兵，原來是墨家的東郭植帶人來救了大家。

遙遠的咸陽宮內，東皇太一收到飛鴿傳書。看完信，他勃然大怒，連通飛鴿一道燒得灰飛煙滅，他蓄謀已久的計畫又一次被打斷，原來，天明誕生之初就被東皇太一看中，在他身上偷偷植入了羲氏一族傳世珍寶——乾元玉煞，這讓他成為了承載著巨大力量的容器。

天明雖手持利刃，還是毫無懸念被少羽壓在身下，天明使詐被高月判定為勝利，旁人卻找出了天明的暗器，對他紛紛指責，天明不以為然，天明正得意的時候，被少羽裝的鬼給嚇暈，醒來時發現困在一口棺材裡，周圍全是裝神弄鬼的聲音，正當天明喘不過氣來時，高月及時出現救了天明。

為了弄清真相，端木蓉等人硬著頭皮進入墓地，挖出了“石頭”的屍首，端木蓉給石頭進行了屍檢。她發現，石頭的屍體有著不同於普通屍臭的怪味，腹部呈現著詭異地鼓漲的弧度，眾人發覺那些死去的人應該都是被蠱術所害，而蓋聶是劍術高手，不可能修煉邪術，認定小啞巴鈴兒有最大的嫌疑。高月認為此時不能打草驚蛇，先盯住鈴兒，果然鈴兒想將高月推下水井時露出了馬腳，被少羽和天明擒獲。

蓋聶虛弱地告訴端木蓉，天明很小時候就表現出異於常人的力量，並且秦始皇身邊的陰陽家一直對他有特殊的關注。有人提出似乎只有高月可以阻止天明的瘋狂，對此，高月顯然也十分好奇不解，誰知端木蓉的神情竟忽然變得非常不自然，沒頭沒腦的呵斥高月不許胡思亂想，並怒罵眾人有閒工夫扯淡，不如趕緊救人，天明醒來之後，完全不記得發生了什麼，端木蓉叮囑大家，誰都不要將此事向天明提起。

一個叫高漸離的琴師來妃雪閣應聘，雪女被高漸離的琴聲打動，引發了她的回憶，決定留下他。在鬼村沒有抓到蓋聶和天明，讓秦始皇大為震怒，同時，東皇太一也對衛莊的失手十分生氣，沒想到衛莊找到了東皇太一，並揭穿了他的另一身分，原來是皇帝身上的紅人趙高，衛莊對於趙高隱瞞天明的力量也是不爽，要脅趙高答應他兩個條件，為了保全性命和完成大業，趙高只好硬著頭皮答應。

天明和少羽來到妃雪閣前院，發現有客人對閣中姑娘非禮，於是作怪讓人家打成一團，又得知街上的算命先生易先生藉著看相，對黃花姑娘大肆非禮，天明決定行俠仗義，好好教訓易先生，少羽喬裝成一個妙齡女子，故意引逗易先生摸少羽，然後大叫非禮，天明也躲在一旁使用力量捉弄易先生，激起民眾的義憤，不想居然引來的官兵，天明等人見到官兵趕緊逃開。

天明見蓋聶在院中獨飲，便向他討酒喝，蓋聶說荊軻最大的願望是過平靜的日子，隱居世外。雪女準備策劃一場盛大的舞蹈表演，藉此來鞏固妃雪閣在洛陽藝館中的地位，同時她已經將帖子發給了洛陽城裡的達官顯貴，連從不出門的神秘貴人雁春君都破例收下了帖子，但是這一次，雪女重金將飛雪玉花台打造一新，又傳言說編了新舞美豔絕倫，雁春君竟然打算大駕光臨，這實在是洛陽城一大稀奇。

蓋聶勸高漸離放棄報仇，保重自己，但高漸離始終聽不進去，復仇的念頭佔據了他整個內心，大聲指責蓋聶忘記了家族仇恨，只會袖手旁觀，雪女最終還是不忍心，決心最後幫他一次，幫他混進雁春君府。此時，從趙高處獲得鮑長老消息的衛莊等人，也趕到了洛陽，打算伺機下手，聽當年鮑長老利用欺騙衛莊，也是衛莊想要復仇的物件，聞雪女和高漸離也在此處，他想一石二鳥，了結當年的舊恨。

衛莊的手下易夫子已經悄悄潛入染坊。他在染坊布下了陣法，使得整個染坊如同迷宮一般，大家被布匹纏住無法脫身，端木蓉心生一計，用火把將布匹全部燒著，此時憤怒的天明玉煞之力忽然大爆發，他頓時無法承受，吐血癱倒。原來，端木蓉除掉的根本不是玉煞之力，而是趙高下的封印。封印一除，玉煞之力突然噴湧出來，以天明的身體根本無法承受。

蓋聶多年來背負的罵名被洗清，端木蓉突然覺得不好意思面對他，一見到他就臉紅心跳。一直暗戀端木蓉的東郭植見此情景十分不爽，哭喊著說是蓋聶搶了他的心上人。在天明昏迷的過程中，有許多淩亂的畫面湧入他的腦海，好像見到渾身是血的荊軻被蓋聶刺死，隨著封印的解開，似乎他塵封的記憶也在慢慢恢復。

蓋聶趁天明睡的迷糊的時候教給他一本自己親自繪製的劍譜，讓他身體好了自己練習，天明昏睡過去，第二天才發現蓋聶與大家不辭而別了，端木蓉以為他去找鉅子了，又急又惱，縱馬直奔咸陽去追他。可追到鉅子發現蓋聶並未在此，端木蓉才驚覺他是去找衛莊瞭解前塵事，便飛奔趕往七殺門舊地宗家老宅，路上竟遇衛莊一行，被其擒住。

衛莊在一片斷壁頹垣中找到當年七殺門議事堂的位置，想像自己坐在掌門的寶座上，傲視滿門的高手臣服在自己腳下。可他總覺得內心像這眼前的這片廢墟一樣，空虛、寂寥、一片荒無。端木蓉與蓋聶，兩個在愛情面前如同孩子般木訥的人，一起經歷了生死，終於勇敢地說出了彼此心中壓抑最久的話。兩人決定不怕麻煩，勇敢面對彼此的感情。

高漸離和雪女在去往七殺門的途中，遇見了端木蓉和蓋聶，蓋聶告知已將七殺門掌門令交於衛莊，回去也沒任何意義，高漸離於是答應和他們一起回終南別館。夜晚，赤練白鳳突然來偷襲，被蓋聶等人擊退。這天，天明醒來時高月不在，守了他一夜的少羽早已累得呼嚕聲震天。天明沒有吵醒少羽，而是決定自己出去透透氣。突然，大司命和少司命出現在他面前，天明見到少司命很是激動，因為終於見到了一直保護他的“小仙女”。

鉅子對扶蘇非常欣賞，決心全力輔佐他登上王位，可對於一向將忠孝排在首位的扶蘇來說，跟曾刺殺父皇的墨家合作，在某種程度上是背叛了自己的父皇，難以解開這道心結，鉅子答應讓扶蘇再考慮一下。鉅子與公子扶蘇會談完畢，過來探望天明和高月。

少司命默默忍受各種酷刑卻一聲不吭，而且整天水米不進，完全是一心求死的架勢。大司命冷言冷語激起少司命的鬥志，他激勵少司命活下去，只要留得活命就有希望，總有一天會把天明搶到手。少司命終於被說動，開始進食，並且答應主動向趙高認錯，以換取減輕處罰。

身負重傷的鉅子在墨家弟子掩護下逃走，但他已中致命的六魂恐咒。與此同時，胡亥的稟報讓秦始皇大怒，他任命胡亥為剿賊大將，負責查抄金氏商社、清剿墨家。扶蘇得知趕緊派人通知墨家。韓信與鉅子在逃亡途中回合，帶來了扶蘇的消息，鉅子讓其趕緊通知各地鉅子，離開商社，隱入市集。

端木蓉發覺鉅子身體有異樣，才驚覺他中了六魂恐咒，這是來自羲氏一族的禁咒，中者活不過兩個月，而且毫無救治方法。正在絕望之時，端木蓉想到了高月，其實，高月是鉅子，也就是當年燕太子丹的好友鞠玄之女，身上留著羲氏一族的血脈，對咒術有天生的緩解能力。

少羽興致勃勃的想要參加競技大會，認為這樣可以樹立在墨家的威信，說不定鉅子想培養的接班人就是自己，這些話又激怒了天明，他直接暈了過去。蓋聶覺得與其什麼都瞞著天明不如對他說實話，可端木蓉就是覺得不能用任何事情刺激天明，先不能管他的心病，只能醫好身體再說。

衛莊來找趙高，說要解除契約，趙高表示願意解除“秘密抓捕天明”的契約，但作為交換，衛莊必須替他破掉墨家機關城。衛莊表示不感興趣。趙高毫不避諱的將其想通過控制胡亥來奪取天下的野心告知衛莊，想要拉他入夥，衛莊因內心想要恢復七殺門昔日的輝煌，面對巨大的誘惑，衛莊還是答應了趙高，不過他說蓋聶是他的，誰也不能碰。

機關城入口處，樊噲與墨家底子遭遇了蠱娘的埋伏，無數蠱蟲向他們襲來，高漸離和雪女自告奮勇衝出去接應樊噲，將其安全帶回。可端木蓉在清點死傷的墨家弟子時，發現屍首多了一具，那意味中，有人混進了他們當中。當晚，班大師正帶著機械班的弟子檢查設備，突然被其中一個弟子刺中，班大師倒在血泊中，行兇之人卻趁亂藏了起來。

此次公輸仇出山目的只有一個：了結那段四十年前的恩怨。四十年前，在機關城學習的公輸仇收到家中來信，父親病危，讓他趕緊回家裡繼承，可他還未成為墨家的總工程師，不能進入記載著墨家機關秘笈的密室，公輸仇的心中起了波瀾，想早日取得鉅子手中的密室鑰匙。

高月將四棱錐每一面上的七個小孔，分別投射到星圖中的“青龍、白虎、朱雀、玄武”四個方位，順利破解了機關。而更令高月意外的是，在四棱錐下面，竟然藏著母親的遺物：“幻音寶盒”。她這才明白，原來自己一直以來感應到的樂曲，都是幻音寶盒所發出來的。這個龍喉，其實是鉅子為悼念亡妻碧華委託班大師新建的。

天明的試煉更加艱難，被一隻巨大的機關獸追的甚是狼狽，關鍵時刻，天明欲犧牲自己救出高月，正以為會被機關獸殺掉的時候，天明卻意外通過了考驗：所謂俠者，就是在必要的時候寧可犧牲自己，也要保護那些值得保護的人。

雪女在與赤練打鬥的過程中，中了奇毒，命不久矣，高漸離竟然為她過血解毒，高漸離說自己什麼也沒有，只剩下雪女，要不顧一切的去救她。白鳳讓赤練吃解藥，可是赤練卻叫著讓他去支援衛莊，白鳳生氣他在這時候還在想著衛莊。

鉅子對大家說出了一個驚人的決定：捨棄機關城！眾人本能的提出強烈反對，鉅子解釋，眼下就算重新打開水源，機關城也是元氣大傷，而且位置已然暴露，以後只會受到秦軍一次又一次的攻擊。與其讓弟子們捨命去保護已然沒有太多實際意義的機關城，倒不如乾脆毀滅它，這樣不僅能埋葬衛莊，同時也能成就公子扶蘇。

鉅子將畢生功力傳與天明，天明蒼白的臉色漸漸恢復了正常。他將墨家鉅子之位傳於天明，他希望天明活的頂天立地，用玉煞的力量和鉅子的功力去為百姓謀福，成為一個真正的大俠；他要天明和墨家弟子們幫助扶蘇登上帝位，並監督他讓他善待黎民百姓；最後，他希望天明能替他好好照顧高月一輩子。說完，鉅子與世長辭。

河道邊，墨家眾人拜別鉅子，天明接下鉅子之位，卻很是迷茫前路在哪裡。高月安慰他說，既然不知道將來如何，就不必害怕，鼓勵他堅強的走下去。高月學著記憶中母親的樣子，用觀星之法打開了幻音寶盒，天明發現裡面有一封信，原來是碧華留給女兒的信。

素影將高月抓了回來，趙高欲將開啟一部分玉珪之力，讓玉煞受到感應自己尋過來。此舉會讓玉珪本人承受極大的痛苦，為了讓高月能乖乖的當個傀儡，趙高要洗去她的意識和知覺。睡夢中，童年的高月夢見大火分開了自己和娘親，驚醒後看見了和娘親長的一模一樣的素影，驚喜的擁抱她，但被素影一把推開。

天明在蓋聶的陪同下在趙府四處尋找高月，高月在密室內恢復少許意識，企圖逃出密室。在與東皇大人手下交手的過程中，高月運功受傷倒在地上。在密室外的天明有所感應，口吐鮮血倒在地上，被蓋聶救走。天明在住處休養一個晚上後，第二天在端木蓉的陪同下在街上尋找高月。

少司命的遺體被丟進亂葬崗，天明與端木蓉以及蓋聶深夜出行，從亂葬崗經過，三人目睹少司命從土中探出來的手，還以為有死者詐屍。三人上前挖掘泥土，救出了少司命。大司命藏在不遠處的草叢中，不動聲色注視三人帶走少司命。

咸陽城郊外，天明為扮女人正在接受端木蓉的魔鬼訓練，被折磨的夠嗆。同時，大司命又將一些方士學館的資訊透露給少司命，默默的幫著他們。少司命易容成老婦，天明扮成啞巴妙齡少女，和端木蓉三人進入方士學館考試，天明拿著少司命給的小抄，又施展“媚”功迷惑考官，居然也誤打誤撞通過了考試。

營救高月的這一天終於到來，內有天明少司命等人，外有蓋聶、高漸離帶著十幾個兄弟接應，擬定好了方案，就打算天黑趁高月單獨進入到丹房時行動。然而，他們誰也沒想到，自己已經掉入了趙高設置的圈套。高月直接被抬進了煉丹房，少司命和端木蓉也隨後進入。

某日，幾個山民在終南山採藥，其中一名突然在草叢中發現了一塊沾滿泥土的白石，石上隱隱有字跡。山民們抬著白石來到了離村子最近的方士學館，出來應門的方士撥開泥土，只見依稀四個“萬世永襲”的篆字，頓時心花怒放。趙高趕緊將石頭的事情報告給秦始皇，秦始皇大聲叫好，此刻，扶蘇在旁不動聲色的點出，近來似乎坊間流傳著一首曲子，似乎也有這四個字。

祈福儀式如期舉行，雪女順利混進侍奉仙姑的宮女陣營，高漸離進宮奏樂，天明扮成侍衛也在旁隨時待命，一切都按照事先預想好的發展著。正當高月被雪女頂替之時，雲中君發現了仙姑的樣貌好像發生了變化，偷偷去向趙高稟報，危急之際，高漸離將手中樂曲擲向秦始皇，現場以為來了刺客頓時場面大亂。

高月終於蘇醒過來，直直盯著天明，卻對周圍的一切都十分抗拒，好像誰都不認識，只有天明能讓她暫時平靜，端木蓉決定帶著高月回墨家大本營，好好治療。少羽等人得知天明要回來的消息十分高興，可高興勁兒沒過久，他就迎來了一身疲憊的叔父，原來，他們項氏一族寄予厚望的吳中募兵計畫功虧一簣。

少羽把墨家子弟召集起來，當著所有人的面將墨眉鄭重的交還給天明，勸他重新振作。天明鄭重接過墨眉，高聲宣布自己將會繼承前任鉅子的遺願，全力輔佐扶蘇登上王位。聽到天明的話，少羽又被項梁一頓臭罵，大叫是少羽壞了他們的大事。

天明的話讓少羽明白，尋求墨家支援的路徹底的失敗了，但他還妄想著讓高月陪他一起走。高月依舊不認識少羽，只會在雨中受驚般的痛哭，少羽心灰意冷，想拖著高月一起跳下懸崖，緊急時刻，高月像是明白了什麼一樣，將少羽緊緊拽住。

在張良的勘察下，大家決定炸開山道，用班大師的穿山甲，安裝在勘察好的爆炸點上，到時候一起引爆，就能順利炸山。可蒙恬卻不相信他們，認為是癡人說夢，寧願改道。迫不得已，扶蘇立下了軍令狀，說如果計畫不成，甘願受軍法處置。蒙恬被扶蘇的氣魄感染，終於同意了。

一顆隕石降落到了東郡，趙高命人悄悄在上面刻上“始皇死而土地分”幾個字。沒過多久，太卜雲中君夜觀天象，見“熒惑守心”的大凶之相。秦始皇果然勃然大怒，認為是有刁民作亂。始皇大怒，在查不出任何端倪後，下令將東郡周圍的百姓全數殺死。受到刺激的始皇舊病復發，臥床不起。

始皇暴斃在沙丘行宮內，對外，趙高卻秘不發喪，反假傳聖旨命大隊返回咸陽。此時，蒙恬之弟蒙恬發來了密函，函上對始皇突然返回咸陽的事情存疑，扶蘇得知後，打算派使者去打探虛實，蓋聶請求自己同去，卻被扶蘇以需要他參詳邊境防務為由留了下來。

子嬰被送回咸陽，卻癡傻呆滯，據說是受了父親自刎的刺激，趙高幾經試探，終於相信子嬰是真的傻了，便安排他住進扶蘇舊日的府邸，不再問津。胡亥傻呵呵的坐在大殿上接受百官朝賀，趙高只需將胡亥塑造成天怒人怨的暴君，他就可以“替天行道”，殺掉胡亥取而代之。

少羽獨立率軍攻打襄城，襄城卻堅守城池不肯投降。一番苦戰之後襄城終於被攻克，衛莊竟唆使項羽屠城立威，少羽拗不過衛莊，只得咬著牙下達了屠城的命令。項羽軍拔營返回薛城與項梁匯合。半路上，項羽獨自策馬狂奔到了無人的曠野，想不到遇見了一個熟悉的身影——天明。天明說在沛縣劉邦也已經起兵，這一次，他是帶著人馬來投奔項氏的，少羽聽後大喜。

趙高藉胡亥之手，進一步剷除異己，污蔑李斯謀反，將其抓了起來，從此之後朝堂之上再也沒有反對趙高的聲音。此時，李由已經敗給項梁軍，戰死沙場死無對證，於是李斯謀反的罪名被坐實，終於被趙高所殺。趙高登上了丞相之位。隨著戰事的推進，少羽逐漸成長為成熟的將軍，心思手段都愈發冷血無情，從此以“項羽”將軍的名聲遠播。

蓋聶逐漸蘇醒，端木蓉還是嘴硬的問他到底有何事，蓋聶拿出第二個錦囊，要她去救昏迷的劉邦，端木蓉無法只能去醫治他。原來，蓋聶知道高月情況危急，是想讓她帶著高月回鏡湖醫莊修養。端木蓉為高月診治後發現，她如果再跟著天明在軍中，頂多只能有一個月的時間了，若是回去，還能有好轉的機會。

其實趕走天明，項羽心中也並不好受，在他脆弱之時，是赤練在他身邊安慰他。兩人同病相憐之感更盛，決定此他們珍惜和愛憐彼此。赤練說自己要改個名字，問項羽有什麼好建議，項羽半開玩笑的說，你姓虞又有傾城的容貌，不如就叫虞美人吧。從此赤練改名叫虞美人。

在衛莊、范增的參謀之下，項羽迅速的找出了秦軍的要害，制定了戰略計畫。項羽下令破釜沉舟，誓要在三日之內攻破秦軍，此舉讓楚軍士氣大振，果然勢如破竹，擊潰秦軍。項羽意氣風發，被前來救趙的各路諸侯膜拜，尊為“戰神”。

端木蓉為高月診治，發現她已經到了大限之時，當年大司命說混元珠可以保她三年性命，如今時間也差不多到了。正當眾人絕望之時，大司命突然到訪，他說要救高月，必須和他回到咸陽羲氏一族大本營，這三年來，大司命查閱了諸多典籍，終於找到了一個可以將玉煞玉珪之力雙雙抵消的陣法。

大陣法即將啟動之際，雲中君發現金粉有異，想去報告趙高，大司命情急之下將雲中君殺死，偽造成跌進湖中的意外，但是雲中君的死，意味著施陣的長老會少一人，大司命決定由自己頂上，那樣，玉煞玉珪之力消解之時，也會對他造成致命的傷害。

趙高暗中命人偽裝成起義軍，屠戮了整個望夷宮，造成胡亥因恐懼盜匪而自盡的假像。準備進宮再見胡亥的天明在暗中目睹了這一切，唯有嘆息。趙高望著空蕩蕩的皇宮，感嘆即使他登頂稱帝，天下也根本不是他的了。有人提醒他，扶蘇之子子嬰還活著，走投無路的他，又打起了子嬰了主意。

衛莊找來虞美人，讓她勸勸項羽收斂一下，可是虞美人也毫不猶豫的拒絕了他，說不管項羽變成什麼樣她都不在乎，這輩子她跟定他了。左司馬曹無傷認為項羽必定會攻打劉邦，並且劉邦必敗無疑，可自己一點油水都撈不到，他準備藉盤點府庫之機私藏些金銀珠寶，而他相中了趙高的相府。

項羽端起酒杯後只喝了口酒並未摔杯，始終下不了狠心。范增偷出大帳與項莊商議，要其在舞劍時刺殺劉邦。項莊舞劍意在沛公，項伯見狀也跳上去項莊一起舞起來，實際上是想阻攔項莊。此時樊噲突然衝了進來，項羽反賜他酒肉，樊噲也爽快的大口吃肉，大口喝酒起來。

項羽說明日就會帶精兵去突出重圍，虞美人跟在他身邊只會讓其畏手畏腳，讓她趕緊另謀高就。虞美人聽聞說自己明白了，拔劍自刎，她說在前面等著項羽。衛莊看到赤練這次真的死了，情緒失控。原來，今日傍晚項羽曾找過衛莊，要把虞美人託付給他。