第53話【壓力是造成禿頭的原因，為了不累積壓力而小心翼翼，反而又成為壓力的來源，到頭來，一切都是徒勞無功】，歌舞妓町發生連續縱火事件。阿銀不顧垃圾分類規定，在收可燃垃圾日把雜誌拿出來丟，跟登勢大嬸起衝突時，不慎引發小火災，被消防組的辰巳誤以為是連續縱火犯。就在阿銀被帶回消防組問訊時，突然傳來歌舞妓町再度發生火災的消息！

第54話【天下的媽媽都是一樣的】，萬事屋突然冒出一個「老媽子」！原來她是為了找離家工作從此音訊全無的兒子——八郎。在阿銀等人的調查下發現，八郎曾多次改變自己的外貌，老媽子提供的照片已經沒參考價值。就在大家在照片上亂塗鴉時，突然走過一個跟塗鴉照片長得一模一樣，並且也叫八郎的人！

第55話【吃東西的時候不可以發出喀滋喀滋的聲音】，經由八郎，阿銀等人認識號稱歌舞妓町第一牛郎的狂死郎，並在狂死郎的店裡巧遇流氓來店裡找麻煩，狂死郎頑固地抵抗流氓強收保護費的威脅！一陣混亂下，老媽子莫名其妙跟著流氓走了，狂死郎情急追出去時不經意洩漏原來他才是老媽子真正的兒子八郎！

第56話【寺門通擔任一日局長的職位】，真選組為了提昇跌到谷底的名聲，特地請來剛獲得新人獎的偶像歌手寺門通。雖然只是一日局長，寺門通卻很賣力地幫真選組造勢，甚至自掏腰包請萬事屋的人扮成真選組吉祥物。不過被土方等人發現毫無幹勁又超不可愛的吉祥物是阿銀等人打扮時，雙方起了衝突，在混亂中，寺門通被近日犯下多起婦女遭綁架事件的激進派攘夷份子綁架！

第57話【要找丟掉的東西時，就要沿著當天的行動路徑回溯回去】，在宇宙間進行貿易買賣的海援隊，這次卻在交貨地點受到埋伏，導致貨品及交易現金都被搶走了！陸奧來找阿銀等人幫忙，阿銀在找到坂本辰馬之後，得到貨品委託人青木商會的指引，找到了搶走貨品的邪惡組織。最後卻發現，原來這是場黑吃黑的騙局。

第58話【小吃店裡賣得最好的果然是可樂餅麵包】，歌舞妓町最近發生多起試刀殺人的兇案，甚至連桂也因此下落不明！伊麗莎白請求萬事屋的協助，阿銀雖然藉機跑掉，但也接到某刀舖的委託，希望他幫忙找回由江戶第一刀匠所打造的傳奇名刀「紅櫻」。經過追查，赫然發現盜走紅櫻，並且犯下多起試刀殺人案的，竟然是殺人鬼岡田似藏！而且似藏親口說出桂已經慘遭他的毒手！

第59話【注意，傘不要忘了帶走】，不知道桂已經慘遭殺害的神樂，前進了高杉晉助的船艦內尋找桂，卻因為發現高杉的陰謀而被囚禁起來。阿銀在跟似藏的決鬥中受了重傷，才從刀舖委託人妹妹鐵子的口中得知，原來那把刀經由哥哥鐵矢的改造，已經變成擁有一擊破壞一艘戰艦威力的機械機動兵器，甚至連請阿銀代為尋找失刀都是一個陰謀！新八和伊麗莎白則經由神樂留下的線索，也找到了高杉的船……

第60話【太陽還是會昇起】，桂一派為了替桂報仇，率領艦隊從空中攻擊高杉的船艦，已經和紅櫻融為一體的似藏出面對抗。在伊麗莎白的幫助下潛進船艦內的新八，也順利地救出了神樂，不過兩人卻隨即陷入危機中！另一方面，阿銀得到鐵子幫助，也正往高杉的所在之處趕來！

第61話【闇夜中的蟲會向光聚集】，就在神樂跟新八陷入危機之時，出手相救的竟然是大家以為死亡的桂！原來桂詐死扮成伊麗莎白，是為了揭發高杉的陰謀。桂的思念和高杉的執著，兩人的決鬥一觸即發！在船艦的甲板上，阿銀帶著鐵子打造的刀，隻身挑戰受紅櫻侵蝕已然發狂的似藏！然而在這場混戰進行得最激烈的時候，宇宙海盜「春雨」卻突然出現了！

第62話【抓賊的變成賊】，阿銀和桂一派聯手阻止高杉陰謀的事件已經傳到江戶城眾人皆知的地步。土方懷疑萬事屋和攘夷派勾結，命令山崎退潛進萬事屋監視阿銀。山崎來到萬事屋撲了個空，從登勢大嬸那兒得知，原來阿銀住進新八家中養傷。潛進新八家好監視阿銀的山崎，怎麼也沒想到自己會遭受到恐怖的下場！

第63話【寶島少年的下集預告根本不可信】，正在外送披薩的服部全藏，在半路撞上阿銀的機車，陰錯陽差下把寶島少年誤當成披薩送到了客戶手上，這個名叫阿國的奇妙少女竟然也不以為意的把寶島少年收下。原來服部接受才藏的委託，要綁架阿國，因為她具有預知未來的能力，但是服部卻漸漸受到阿國的吸引……

第64話【玉米棒意外的很能填飽肚子】，大江戶電視台派出當家主播花野，對桂小太郎進行一整天的貼身採訪。本來是想藉這個機會，讓全國觀眾知道攘夷志士的志向，向全國展現志士們精忠報國的一面，沒想到卻因為消息走漏給真選組知道，而展開一場你追我跑的大混戰！

第65話【少年透過抓獨角仙而瞭解生命的尊嚴】，獨角仙相撲大賽的熱潮又重新風靡回來了！卻因為總悟的囂張，連神樂最寶貝的定春28號都慘遭毒手。不甘心的神樂帶著銀、新八來到森林中，尋找傳說中最強的獨角仙。沒想到卻巧遇真選組也在森林中用盡各種手段抓捕獨角仙！居然會放著守護江戶城的正事不幹跑來抓獨角仙？這其中必定有詐！

第66話【賞花不如吃丸子】，阿銀最愛的丸子店最近出現了敵手！在丸子店附近新開了一家號稱可以讓客人嚐到全宇宙所有甜食的新式甜點店，而且甜點店的老闆還虎視眈眈地想併吞掉老爹的小丸子店。為了守護這已經流傳了300百年的傳統美味，萬事屋出動和新式甜點店展開一場傳統與新潮的吃丸子大戰！

第67話【人生就要不斷向前奔馳】，銀時把壞掉的摩托車送到技師平賀元外那裡去修理，正當銀時打算不付修理費就要把車騎走的時候，源外將修理時在車上改造的裝置啟動，正當銀時無法控制的時候，就撞上了飛腳的天人磨破乘子的機車，受傷沒辦法騎車的乘子，其實是個擁有特異體質的人……

第68話【來回在世間上的全都是妖怪】，祭典當天。可以看到銀時他們背向著熱鬧的廟會，走向寺廟的身影，擔任巡迴視察職位的銀時告誡想去玩祭典而發牢騷的神樂。最先出現向他們走來的是裝扮成頭上被弓箭所刺的敗走武士的落。他是這次祭典負責膽量試驗的幹事，而銀時他們也是為了幫忙這個活動而來。銀時他們毫無幹勁重複排練著無聊的演技。但是被周圍批評的一文不值，被解雇，連妻子也離他而去的落，說想要用這個試膽大會來好好的正命自己存在價值的落，銀時他們會向她伸出援手嗎？

第69話【請協助垃圾的回收分類】，在不可燃燒垃圾日把雜誌丟掉的銀時，因為被電視廣告所威脅而想去撿回雜誌，但是在垃圾收集場看到女生的斷頭而昏倒，失去意識第二天早上在自己家張開眼的銀時以為是夢而鬆了口氣，但發現神樂的手上拿著那顆頭顱銀時正慌張的時候新八告訴他這是現在最受歡迎的機械管家．悅子小姐的頭…銀時他們拿著悅子小姐的頭，卻沒錢買悅子小姐身體，就在這個時候，出現了一則新聞，製造悅子小姐的林博士被殺了，嫌犯是作品的機械管家芙蓉，她的特徵和銀時他們手中拿的頭部一模一樣……

第70話【可愛的東西太多了也會令人想吐】，突然被女僕們襲擊的銀時他們分成兩路。銀時和神樂引開變成凶器的敵人女僕們,而新八帶著阿蛋往源外的地方去。被新八抱著的阿蛋判斷新八的生存機率是5%.勸告新八不要理他趕快自己逃命。但是新八說了下定決心保護的東西一定會保護才是武士.阿蛋有一種被程式裡面沒有的不可思議感抱住的感覺

第71話【也有些數據是無法刪除的】，銀時他們往計畫用機械來支配江戶的伍丸弐號而去.用源外的戰車將碼頭做為目標.源外因為被巨大的女僕襲擊失去戰車.和神樂跟定春失散的銀時跟芙蓉一起往深處前進.最後銀時跟芙蓉和伍丸對峙著.伍丸說芙蓉是自己的女兒轉生而來.因此來迎接她.芙蓉拒絕了.芙蓉說“女兒的笑容，根據林博士之前說過的話.暴走的伍丸挑悻說.那就破壞掉吧.

第72話【狗的肉球有令人愉快的香氣】，在聚集志士們的房間裡，桂正在報告幕府最近的動向，但是志士們忘我的討論著現在流行的連續劇，完全不理會桂，桂一氣之下離開了房間…就直接到錄影帶出租店去，想借錄影帶的桂，店員請他出示駕照做為身分證明時，被追捕的桂他發現他沒有駕照，另一方面，銀時出現在道路講習的教練場，為了要養成集中注意力，他和其他學員上共同練習，並且坐上副駕駛座，沒想到在駕駛座上看到了桂？！

第73話【松茸真的那麼好吃嗎？請再仔細想想看】，到山上去踩松茸的萬事屋一行人，漂浮在銀時的前面是一個叫做摩理之介的獵人，警告他們這個山上很危險要他們早點離開…銀時他們眼裡只有松茸並不聽他的警告，這時在他們的前面，頭上頂著宇宙磨菇的大熊，正宗出現了！托摩理之介的福才能夠逃走的銀時們，想要以報酬為目標，興致勃勃的想與正宗戰鬥，但是這時候銀時的頭上出現了跟正宗一樣的大磨菇！！

第74話【漫畫家要學會儲備原稿才算夠格】，有一天 ，神樂他們發現凱薩琳的眉毛快要連在一起，剛好電視正在播放附近發生的卡車暴衝事件，回來之後的凱薩琳分開的眉毛連在一起了，為什麼凶暴化的凱薩琳會襲擊登勢，被襲擊的時候登勢的眉毛也變成連在一起了！因為異樣狀態銀時他們逃出來了，看到街上所有眉毛連在一起的人，都開始襲擊別人，江戶市中新發布了緊急警報，禁止和眉毛連在一起的人接觸，大災難阿，江戶的街上又要開始不得安寧了……

第75話【工作上的牢騷不要在家裡發 要發就到外面去】，就算漫畫面臨腰斬的危機，動畫版銀魂第二年也好不容易來到了折返點。雖然銀時主張「因為動畫版人氣暴漲」所以才逃過這個危機，但是新八卻爆料說其實現在還在危險邊緣。雖然萬事屋一行人一直都是懶懶散散的，但是居然還被抓到更糟糕的事情。竟然前半年的動畫製作費用在上一集就已經用完了！總之，這一集就先來回顧一下前75集的內容好了，不過片頭曲竟然變成阿通的「你媽媽是ｘｘｘ」，不但擅自變更曲子，還暴露了許多糟糕的畫面，竟然是哈達王子版本....。

第76話【這個時候就默默的煮紅豆飯吧】，有一天晚上土方出現在微笑俱樂部裡，從吵雜的女生們指名了阿妙，說出了一個提議…假裝是近藤的妻子，破壞他的相親，對象是猩猩星的第三公主，長的像星星一樣，阿妙被持續擾亂到極限狀態，近藤不接受這個相親，如果這樣的話真選組不得不尊敬的叫猩猩(像星星的女人)大姊，真選組隊士也出現，必死的低下頭，徒勞無功的懇請阿妙答應，就在這個時候，有一個武士瀟灑的出現拜訪阿妙，他的名字是柳生九兵衛，好像是阿妙兒時青梅竹馬……

第77話【昨天的敵人到了今天還是敵人】，九兵衛宣布阿妙為自己的妻子並且去迎接她，新八因為這個突然的行為而困惑，大家想起道別的時候，大家看到阿妙的眼淚，近藤他們一起淺入柳生屋，銀時、神樂，支援他們，還有土方和沖田與柳生四天王和九兵衛，開始一場激烈的戰鬥……

第78話【對食物喜好分明的人，對人的喜好也會很機車】，為了救回被九兵衛帶走的阿妙，阿銀等人和柳生四天王展開保護碟子淘汰戰！繼神樂和沖田聯手打倒西野後，土方和北大路也展開殊死戰，但土方卻因為胸前的大盤子妨礙戰鬥，而被北大路逼近了絕境！

第79話【四個臭皮匠勝過千萬個諸葛亮】，北大路等人陸續被擊敗，引起九兵衛的興趣，他決定親自去會會阿銀等人。另一方面，上完廁所的近藤，赫然發現廁所沒衛生紙了！土方和新八卻已先行離開！悽慘的近藤和隔壁間的敏木齋、阿銀、東城等四人，展開了悲壯的衛生紙大戰！

第80話【平常戴眼鏡的傢伙一旦把眼鏡拿掉就好像少了什麼，感覺就像少了個零件】，近藤和東城壯烈犧牲！解決擦屁股問題後，阿銀跟敏木齋展開激烈的戰鬥。而和九兵衛戰鬥的土方，卻因為某個預感而不敢放手攻擊。新八找到阿妙，想直接帶她離開，卻被擊敗土方的九兵衛擋住去路。此時，倒地的土方說出了驚人的事實！

第81話【最適合女性的妝就是笑容】，新八在阿銀的協助下，終於打破敏木齋額頭上的碟子，取得勝利。九兵衛也終於願意正視自己內心的軟弱，和阿妙抱頭痛哭，解開了長久以來的心結。只是近藤依舊得和巴布魯斯的猩猩公主步上紅毯……

第82話【並不是因為拉麵好吃，而是為了自我滿足才排隊】，飽受沒錢之苦的萬事屋三人，聽到新聞說有賺大錢的好機會，來到一座山中村落幫忙打怪物，但是原本求助的村長卻把來幫忙都人都趕回去？！原來是因為只要打倒怪物，怪物就會變成一堆黃金球！另一個故事則是公子拜託萬事屋幫忙救出她的男朋友。

第83話【運氣跟身分地位沒關係】，阿妙工作的酒店，因為感冒大流行，除了她之外其他的小姐都感冒了。偏偏這時候店裡即將來一位幕府的大人物。不得已，店老闆只好求助於阿銀等人。千辛萬苦終於湊足六個人，沒想到光臨的幕府大人物居然是將軍本人？！

第84話【男人的心宛如全熟雞蛋】，自稱Hard-Boiled捕快的小錢形平次，沒事老愛擺冷酷硬漢的派頭，但其實是個一無是處的沒用捕快。在追捕已經追了十年卻始終抓不到的盜賊狐狸時，意外把阿銀等人捲進事件中。狐狸又再次發出犯罪預告，這次小錢形能抓到他嗎？

第85話【全熟雞蛋是打不碎的】，怪盜狐火長五郎發出犯罪預告，阿銀等人連同小錢形捕快一起來道了大江戶美術館。卻在狐狸準備下手偷竊的藝術品前，驚覺原來狐狸是九人一組的盜賊集團「九狐」！歷經三十年的恩怨，將在今夜一次解決！

第86話【數羊數得太起勁，反而失眠到天亮也是常有的事】，扶養總悟長大的姊姊——沖田三葉來屯所拜訪。只顧著照顧總悟卻耽誤自己婚期的三葉，終於也要出嫁了。但是跟土方的過去，卻讓三葉一見到土方便激動的昏倒。更糟糕的是，三葉的未婚夫竟然是走私武器的奸商！

第87話【老問「我和工作哪個重要」的女人，就該給她來個後背摔】，扶養總悟長大的姊姊——沖田三葉來屯所拜訪。只顧著照顧總悟卻耽誤自己婚期的三葉，終於也要出嫁了。但是跟土方的過去，卻讓三葉一見到土方便激動的昏倒。更糟糕的是，三葉的未婚夫竟然是走私武器的奸商！

第88話【聯誼之前的等待最令人樂在其中】，一直在旁邊照顧九兵衛的東城步，無意間發現九兵衛把算去變性的恐怖計劃！為了阻止九兵衛誤入歧途，東城求助於阿銀等人。於是，一場驚濤駭浪，為了讓九兵衛女性自覺覺醒的聯誼就此展開！

第89話【有一就有二，無三不成禮】，阿銀、神樂、新八一覺醒來，突然發現自己身處在一個黑漆漆的空間中，而且還出現一個一直強迫他們學習必殺技，自稱自己是洞爺湖仙人的怪叔叔！無獨有偶，近藤、土方跟沖田一覺醒來，也發現自己身處在一個全白的世界中，眼前還有一個自稱女神的全裸女性？！

第90話【越美味的食物，中起毒來就越可怕】，衰到極點的廢物叔長谷川泰三，跟伊麗莎白一起被神秘大叔開的車撞進了醫院。住院期間，長谷川常常受到一個名叫內野的護士鼓勵，漸漸走出衰事不斷的陰霾。沒想到後來長谷川竟然跟食物中毒的阿銀等人住進同個病房，而且還意外發現內野小姐似乎在偷偷暗戀桂小太郎！

第91話【想減肥就運動！不要貪吃】，神樂因為生活太過懶散結果變得超胖！為了減肥，她和同樣受到肥胖問題困擾的阿妙、小猿、九兵衛、登勢大嬸跟凱薩琳，一同來到斷食道場進行嚴苛的斷食修行。整整七天什麼都不能吃，手上只有一片洋芋片，神樂等人該怎麼熬過這個減肥地獄……

第92話【要懂得欣賞別人的長處，不要老是注意別人的短處！】，一個行事低調，計劃縝密的殺手，接下了暗殺松平片栗虎的工作。就在他耗費半年時間，把松平的作息都摸透，準備趁他到公園溜狗的時候，一舉用狙擊槍暗殺他的時候，這個如烏龜般的殺手卻和阿銀對峙上了！

第93話【英雄也是有煩惱的！】，情人節當天，凡男性都坐立不安，女生則巧克力搶翻天！就在這時，一個巨大的巧克力從天而降砸毀萬事屋，原來那是負責保護宇宙和平的太空女超人掉的。只顧著保護宇宙而忽略婚期的女超人，是否能在情人節這天在地球告白成功呢？

第94話【搭乘電車的時候，請務必兩手緊抓吊環！】，廢物叔長谷川泰三終於找到新工作了，他很高興的向阿初報告，並希望工作穩定的話能和阿初破鏡重圓。但沒想到上班第一天，他卻因為意外被誤認為色狼，關進牢裡。更悲慘的是，負責他案子的檢察官，竟然是阿初現任的男朋友！阿銀能否幫助長谷川打贏官司呢？

第95話【坂田律師VS破牙檢察官 戰爭的火種已經點燃了】，長谷川太三涉嫌性騷擾的案件正式開庭了！阿銀雖然是門外漢，但憑著三吋不爛之舌，倒也跟破牙檢察官舌戰得五五波平手。正當大家以為能順利贏得官司時，破牙卻拿出三集前阿銀偷窺女生看衣服的影片，反過來指控阿銀！阿銀和長谷川頓時陷入危機之中！

第96話【是男人就不要放棄】，在這寬廣無邊的宇宙當中，有個受到外部不明物體的侵略而即將滅亡的星球。幾乎所有的居民都放棄抵抗，只有兩個人一直不願意放棄，持續地找尋拯救星球的方法。這兩個人向有著「宇宙救世主」、「穿梭於宇宙中 傳說中的清潔工」、「最強的異形終結者」等名號的星海坊主！但是，這個宇宙最強的男人…戴假髮。然後在多個跟假髮像近的語句中發現，他是個超級敏感且脆弱的男人。人們對於星海坊主期待感與不信任感逐漸增大，同時這顆星球真實的歷史也即將被公開…

第97話【「以前的英雄事跡要誇張三分，只要能炒熱氣氛就行了」，「男人很容易被花店與蛋糕店的小姐所吸引」 】，在小酒館登勢上班的凱薩琳，曾經偷遍了全銀河的寶物，不論是多麼複雜的金庫都可以輕易的打開，人稱「開鎖凱薩琳」。但是現在，她很感謝登勢能不追究她曾經偷走店裡的錢，願意再次僱用她在店裡上班，所以金盆洗手了。然而在凱薩琳的面前，以前當小偷時的夥伴庫利坎卻出現了，他對凱薩琳說「我們需要借重妳的才華」……

第98話【電動一天只能打一小時】，在這御宅族的聖地．秋葉原，狂熱的御宅族們聚集在一起。因為今天就是最新型的電玩主機、弁天堂OWee的發售日。但是，OWee似乎只有前一百名買得到，而現場卻排成了無數的人龍。萬事屋的銀時他們也接到代買的依賴前來排隊。使出各種計謀好不容易慢慢前進的銀時他們。在隊伍中還看到桂與伊麗莎白以及幫阿妙小姐前來排隊的真選組眾人，為了要買到電玩主機，開始了一場激烈的戰鬥。

第99話【人生和遊戲都充滿BUG】，透過店長的提案，為了爭奪OWee兩隊人馬以遊戲來分出勝負。一隊是由銀時與桂他們所組成的隊伍，另一隊則是真選組隊。第一場是以美少女戀愛遊戲來進行比賽。扮演「心悸回憶」裡的男主角，能首先攻略女主角的人就算勝利。但是，女主角旗魚子卻是個在上學的路上不是咬著麵包而是咬著旗魚的女孩子。實在讓人無法猜透這是個什麼樣的遊戲。另外，第二場比賽比得是益智遊戲，比賽狀況也是驚險萬分，在這混亂的狀況下進入到了最終比賽…