第48集【足球消失了！？】，雷門十一人在聖光之路大賽中獲得優勝之後過了3個月。足球終於脫離了第五院的控制，變回一項能讓所有人快樂踢球的運動。此時，天馬為了教導小朋友們踢足球，正巡迴於全國各地。但是，回到了久違的雷門國中之後，卻沒看到足球社的社員們。聽到其他學生說「雷門國中沒有足球社」。而且就連在聖光之路大賽中一起奮鬥的神童與三國，也都不記得自己踢過足球，甚至也不記得天馬了。就在大受打擊的天馬面前，出現了一位很神奇的少年。他說他是為了完成自己的使命而來，而天馬記憶中的足球也即將要被消去。雖然天馬試著想要阻止，但是……

第49集【穿越時空的天馬！】，受到神秘的少年．阿爾法所襲擊的天馬。再千鈞一髮之際救了他的人是來自於200年後未來的少年．菲。天馬與菲與阿爾法所率領的隊伍「奧美迦協定」進行了足球比賽。他們的隊長-阿爾法，能夠使出一股名為「化身武裝」，能將化身變為鎧甲穿在身上的能力，這是能夠提昇速度與技巧，超越一切常識的力量。與擁有這種能力的阿爾法對抗，天馬也只能望塵莫及。上半場比賽結束之後，雖然靠著使出神秘力量的菲以及新絕招的天馬勉強能與之對抗，但對阿爾法卻都沒用。

第50集【復活吧！雷門！！】，想要消滅雷門足球社，以及足球存在而展開行動的「埃爾多拉特」。為了阻止他們，天馬與菲靠著時空跳躍回到了雷門國中足球社的起點，也就是過去的雷門國中，並且遇到了才剛入學的圓堂守。在那裡，阿爾法等人又再次出現，並且為了奪走圓堂的足球而展開比賽。看到以凌厲的手段攻擊天馬等人的阿爾法，圓堂感到非常憤愾，因而使出了必殺技擋住了阿爾法的射門。看到圓堂如此表現的天馬與菲，也激發出了自己的潛力。這時，很了解天馬的那位少年，也出現了……

第51集【最後的足球】，結束了與阿爾法的比賽之後，成功保護了圓堂與雷門國中足球社的天馬等人，為了確認歷史是否變回原狀而回到了雷門國中。這時，雖然神童與其他社員們都回到足球設了，但是卻沒看到劍城。原來，這是因為先前在比賽中幫助了他們的劍城哥哥-優一存在的關係。為了取回有劍城京介所在的那雷門足球社，天馬又再次回到了過去。在那之前，雖然優一很希望能再一次與京介一起享受踢足球的樂趣，但是京介卻拒絕了他的邀請。看到了這樣的京介，天馬試著把自己的想法傳達給他知道。

第52集【驚愕！足球禁止令！！】，不讓歷史產生改變的話，不論如何都得要獲得勝利。天馬等人這次與為了弟弟而努力奮戰的優一共同戰鬥，希望能夠奪回有劍城在的雷門國中足球社。但是，開心的時光沒有維持多久，政府頒布了新的法律，禁止了所有人踢足球。好不容易奪回的雷門國中足球社，也面臨了廢社的危機。這一切的起因，都是來自於日本親善比賽日本代表對美國代表做出的暴力行為，使得對方受到嚴重的傷害，也讓足球被歸類為一種野蠻的暴力運動。

第53集【驚訝！奧美迦協定2.0！！】，在日美親善大賽中，代替日本代表與美國代表進行比賽的奧美迦協定2.0與雷門十一人。不知為何沒辦法順利使出化身武裝的天馬，就在居於劣勢的狀況下，上半場比賽就結束了。此時的他們認為只能靠化身來扭轉劣勢。但是比賽到了下半場，奧美迦協定2.0開始做出種種危險的行為，無視於裁判亮出的紅牌，繼續在場中擾亂比賽。如果繼續放任他們這麼做，那麼歷史就無法改變了。人們會認為足球就是一種野蠻又暴力的運動，因而造成足球禁止令的頒布。

第54集【神之伊甸的特訓！】，沒辦法改變頒布足球禁止令的歷史，而且連圓堂教練都落入了埃爾多拉特的手中，而且還加上雷門十一人的隊員們對足球的熱情也被剝奪，天馬等人被完全孤立了。為了奪回教練跟夥伴，只能加強自己的實力，打倒奧美迦協定2.0。為了要打倒他們，就必須要提昇自己的力量，至少要學會化身武裝才能夠與之對抗。因此，天馬等人繼承了雷門的傳統，打算開始進行一連串的特訓。但是，因為足球禁止令的關係，連能夠進行特訓的地方都沒有。一想到那些被洗腦而討厭足球的夥伴，大家都變得很意志消沈。

第55集【完全掌握！化身武裝！】，不容許埃爾多拉特繼續干涉歷史。為了救出圓堂教練，豪炎寺對天馬等人伸出了援手。他為天馬他們準備了特訓用的場所，那就是過去第五院為了培育究極選手而使用過的訓練設施，神之伊甸。以「傾聽化身的聲音」為線索，展開武裝化身特訓的天馬等人，但是遲遲沒有進展。此時，奧美迦協定2.0的成員又再次出現在他們面前，並且提出挑戰。無法使出化身武裝的天馬等人，完全無法招架敵人為了復仇而做出的攻擊。就在即將分出勝負之時，出現了一個神秘的化身，並且把天馬一行人給帶走了。

第56集【拿到霸者聖典吧！】，天馬終於獲得了真正的化身武裝之力。但是，因為足球禁止令的關係，雷門國中的足球大樓即將被拆掉，與足球有關的事物也漸漸地消失中。為了救出被封印起來的圓堂教練，每個人都得要獲得化身武裝的力量，打倒奧美迦協定2.0才行。能讓每個人變強的線索，說不定就在一本被稱為『霸者聖典』的書裡。這是由傳說中的足球選手-MASTER-D所寫下，記載著最強足球隊秘密的一本書。於是，為了取得這本聖典，天馬一行人來到了200年後的未來。『霸者聖典』可是說是MASTED-D對足球的熱情所凝聚而成的精華，因此被嚴密地保管於博物館當中……

第57集【衝擊的會面！圓堂大介！！】，天馬一行人，順利地在200年後的未來獲得了『霸者聖典』。但是，由於聖典是由暗號所寫成的，因此完全沒有辦法解讀內容。而且，就算想要找寫下這本書的MASTER-D本人問個清楚，也不知道他究竟是誰，就在天馬等人束手無策的時候，突然來到的春奈與秋，居然從她們的口中得知一個驚人的事實。這本聖典跟圓堂教練的爺爺-圓堂大介留給圓堂的筆記長得很像。MASTER-D很有可能就是圓堂大介。為了確認是否真為如此，天馬等人與鬼道一同前往與大介見面。

第58集【找出來吧！時空最強的十一人！】，看到雷門國中與奧美迦協定2.0的比賽，圓堂大介主動提出要擔任雷門的教練。他給了隊員們一句話「通往勝利的道路就是3D！」，於是天馬等人一邊思考著這句話的意思一邊在比賽中找尋答案。於是，雷門十一人從敵人的動作中領悟了新的必殺戰術-利用整個球場上四處分散的點，讓敵人無法掌握球的位置之後，再傳給天馬進行射門。而且，劍城也因為大介的話，成功使出了化身武裝，也讓雷門逆轉勝利。

第59集【我們來了！ 信長所在的城鎮】，為了達成大介所構思的究極之夢-跨時空最強十一人，於是天馬一行人展開了旅程。首先，為了尋找「同時擁有看透人心以及看穿大局，靜與動兩種特質的真實攻擊策動者」，於是前往了織田信長的時代。來到了尾張國的他們，看到眼前宛如時代劇一般的風景，難忍心中興奮之色。雖然馬上就開始尋找跟信長有關的線索，不過卻不是很順利。就在這時候，天馬跟信助遇到了把繩子綑成球在踢的太助等人，並且跟他們一起踢起了足球。

第60集【白鹿組大混戰！】，天馬一行人追著被綁走的太助等人，來到了白鹿組的基地。不過，出現在他們眼前的卻是被稱為「紅菊」的大姐頭，也就是奧美迦協定2.0的隊長-貝塔。她使用了天球裝置，操控著白鹿組的所有人。想要救出太助的夥伴，就得要用足球擊敗被操控的白鹿組。於是，天馬一行人加上太助等人展開與白鹿組的比賽。但是，由於是第一次踢足球，所以太助他們完全不懂規則跟踢法，相對的，白鹿組則因為獲得了貝塔的力量，所以展開了激烈的攻勢。

第61集【潛入！舞者大作戰】，白鹿組供稱是受了今川義元的委託，所以才會綁架小孩去當士兵的。由於貝塔等人決定協助信長的敵人-今川義元，歷史可能也會因此改變。為了能夠接近信長，汪達巴所想到的方法是，打扮成舞者潛入宴會中就可以接近信長了。於是，天馬一行人請求太助的姊姊-阿勝，教他們跳舞。另一方面，神童為了讓自己成為能夠容下信長氣場的容器，努力進行特訓。為什麼自己沒辦法使出化身武裝，為此感到十分困擾的神童，因為阿勝溫柔的話語，也讓他找到成功的關鍵。

第62集【尾張國的大特訓！】，多虧了木下藤吉郎的計謀，好不容易潛入賞花驗會的天馬一行人。雖然不是以跳舞，而是以足球技巧吸引到了信長的目光，但卻因為貝塔的策略而被誤認為刺客。被抓起來進行審判的天馬一行人，被信長問到是否是來刺殺自己的，此時神童毅然決然地回答說，自己來自於未來。此時，奧美迦協定2.0的成員以今川義元家臣的身份出現，並且提出以蹴鞠＝足球來一決勝負的提案。神童也當場提出，希望由雷門一行人來與之對決。

第63集【愚者祭典的決賽】，就在織田信長與今川義元的觀看之下，蹴鞠戰終於開始了。以信長軍代表出戰的天馬一行人，各個繃緊神經準備應戰，就連太助他們也學會了聯手必殺技。但是，兩隊力量的差距一目了然，面對奧美迦協定2.0壓倒性的攻擊，雷門完全束手無策，而太助等人也因為不安而失去了自信。雖然太助一個人很努力想挽回，卻完全敵不過貝塔強大的實力。為了幫助太助而消耗過多體力的天馬等人，仍然無法好好地彼此配合，因而在落後的狀態下迎接了上半場比賽的結束。

第64集【夢的天下】，由於太助使出的「一夜城」十分有效，讓天馬等人再度打起精神進攻。不過，發動了幽靈極限合體的奧美迦協定2.0，實力大為增加，於是又被他們給得分了。雖然加強了防守陣容之後，勉強能夠擋下對方的攻勢，不過遲遲無法順利使出化身武裝的神童開始顯得浮躁。而信長也在此時出口斥責神童，說是他導致了這場比賽的失敗，並且提出了一個問題，「你真正的職責是什麼？」。因為這樣的一句話，讓神童的想法為之改變。之後，比賽進行到了後半段，藤吉郎提出了一個不讓神童碰球的作戰。

第65集【大家都回來了！】，成功使出了化身武裝，並且獲得了信長之力，身為攻擊策動者的神童獲得了極大的成長。雖然未能搶回圓堂教練，但由於贏過了奧美迦協定2.0，得以解除夥伴們的洗腦，也讓非常喜愛足球的雷門十一人回到過去的模樣。但是，霧野看到有了這麼大成長的神童，心中開始浮現類似嫉妒的感情而感到困擾。在這時候，天馬一行人的面前出現了一位名為「花菜黃名子」的神秘少女……。

第66集【鎧甲少女】，為了獲得聖女貞德的力量，天馬一行人跨越時空所來到的地方是中古世紀的法國。雖然一度被誤認為是敵方的間諜，但總算還是見到了貞德本人，並且獲准與她同行。受到嚴密監視的天馬一行人，很自然地練習起了足球。見到這一幕的貞德，也開始對足球產生了興趣，天馬一行人也藉此告訴貞德，他們是為了守護對自己來說最重要的事物-足球而來。另一方面，以康曼為新隊長的奧美迦協定3.0，也跟在雷門十一人身後來到了這個時代，但是卻遭到逃離無限監獄的扎納克．阿巴洛尼庫給襲擊。很輕易就擊倒了康曼的扎納克，賜與了他們一股恐怖的力量。

第67集【火焰中的足球】，聽到了神的旨意，想要拯救長年來陷入戰火的法國，聖女貞德挺身而出。為了解放被敵軍所佔領的城鎮-奧爾良，就必須要向查理王子請求援軍才行，因此貞德拜託天馬一行人擔任她的護衛，前去會見查理王子。雖然最後查理王子答應與貞德見面，不過周遭的人還是對她投以懷疑的眼光，在這樣的情況下，貞德也隱藏不住心中的不安。這時候，天馬一行人給了她鼓勵，而且霧野也以僕人的身分與貞德同行。抵達謁見之間後，貞德竟然對著眼前的查理王子說他並不是本尊。

第68集【在此旗下的誓言】，貞德認為，想要獲勝就只能趁英格蘭軍的援軍尚未抵達前進攻。天馬一行人雖然想前往幫助貞德，但是此時由扎納克所率領的奧美迦協定3.0卻出現在他們的面前。如果不打倒奧美迦協定3.0，援軍就無法前往幫助貞德。天馬一行人雖然接受了這場比賽，但是獲得了扎納克力量的康曼等人，展開了非常劇烈的攻擊。雷門十一人的所有動作都被看透，並且被封鎖。無法隨心所欲展開攻勢的雷門，聽從了擔任教練的查理王子所下的指示，進行了莫名其妙的戰術。

第69集【劉備是個有趣的人！】，雖然學會了化身武裝，但是敵人也變得更為強大了。因為非得守住雷門球門的想法，反而讓自己太過努力而無法好好發揮本身實力的信助，三國給了他不要害怕失敗的建議。另一方面，為了組成跨時空最強十一人的隊伍，天馬一行人這次跨越了時空來到了三國時代。下一道力量是「可以看穿未來，透過推理而給予敵人迎頭痛擊，正確無 比的中場。」、「能夠統御大國的能力。有著強韌的行動力與執行力的鐵壁守門員！」，這兩股力量的擁有者是諸葛孔明與劉備。三國勉勵信助，希望他一定要成功獲得劉備的力量。

第70集【驚人！孔明之館！】，天馬一行人與劉備一同潛入了孔明的要塞。但是，不但關羽與張飛被洗腦，還遇到了新的敵人向他們提出足球戰的要求。比賽中，應該是守門員的劉備竟然跑進球場踢球。即使遇到這麼多危機，最後還是勉強獲得了勝利。繼續往深處前進之後，因為劉備魯莽的行動，一行人陷入了要塞中的陷阱。看到這樣的劉備，信助終於按耐不住自己的怒氣大發雷霆。天馬一行人克服了重重難關之後，竟然遇到了機關兵馬俑要向他們進行足球戰。

第71集【激戰！扎納克領域！】，因為劉備說的話，身為守門員的信助有了顯著的成長。與機關兵馬俑的戰鬥獲勝之後，終於有辦法見到孔明了。但是，面對劉備的請求，孔明露出一副漠不關心的樣子…這時，由扎納克所率領的扎納克領域出現在眾人面前，並且要求進行足球比賽。天馬一行人請劉備擔任教練與之對抗，但是扎納克領域卻以好玩的心態，輕鬆地在球場上玩弄著雷門十一人，並且不斷地得分。雖然大家都很努力應戰，但是太陽似乎沒有發揮出自己應有的力量。

第72集【炸裂！孔明之力！】，因為害怕自己的身體再次受傷，所以沒辦法使出全力的太陽。就在面臨危機的時候，孔明突然叫出了化身包住了太陽。「要怎麼利用那股力量……就看你如何決定了」。與孔明進行極限合體獲得強大力量的太陽，靠著他的射門成功得分了。然後，在同分的狀態下，比賽進入到下半場。天馬一行人使出必殺戰術，與扎納克領域進行對抗。但是，扎納克使出化身武裝之後，踢出了極具破壞性的射門，又再次拉開了比數。面對破壞力如此強大的射門，讓信助喪失了與之對抗的勇氣。

第73集【坂本龍馬！ 登場！】，5之力-有著像大海一樣寬廣的心思，做好攻守橋樑的超級中場！以及6之力-能夠用快如閃電的速度快速切入！電光石火般的高速前鋒！為了與擁有這兩項力量的坂本龍馬和沖田總司相見，天馬一行人穿越了時空，來到了幕末時代。但是，龍馬與沖田兩人卻是相互對立的立場。於是眾人分成了兩組，天馬去找龍馬，菲去找沖田，分頭尋找目標。正當天馬在找尋龍馬下落的時候，突然被一個身材圓潤的男人給撞上。

第74集【幕末的劍士！ 沖田總司！】，天馬一行人所遇到的那個男人竟然就是那位坂本龍馬本人！天馬一行人說出自己是來自於未來，為了守護足球而特地來到這個年代，希望龍馬能夠幫助他們。聽了這一席話，龍馬也很乾脆的答應幫忙。另一方面，在菲與其他人還沒找到沖田總司之前，扎納克就來到了沖田的身邊。他利用沖田不惜犧牲性命也想要親手解決坂本龍馬的執著心，打算讓他前去與雷十一人進行比賽。

第75集【足球對決！ 坂本vs沖田】，為了達成守護幕府的使命，沖田總司賭上自己的性命發誓要親手解決坂本龍馬。另一方面，坂本龍馬為了直接與德川慶喜將軍談判，一個人獨自跑到二條城去，但卻被趕跑了。龍馬思考著該怎麼做才能讓日本成為能夠誇耀於世界上的強國，但是怎麼想都想不到好主意。此時，幕府送來了一封給龍馬的信。將軍允許了龍馬謁見的請求！雖然這很有可能是個陷阱，但是坂本龍馬認為如果不直接見面談話，甚麼事情都無法改變，於是下定了決心要前往赴約。

第76集【創造新時代的男人們】，面對扎納克的猛攻無計可施的天馬一行人，上半場比賽結束了。而病發的沖田也被扎納克放棄，被迫換下場。即使在這種狀況下，坂本龍馬跟劍城試著努力說服沖田，守護幕府並不代表守護日本，但兩人的心意似乎沒能傳達到沖田心裡下半場比賽開始之後，雷門仍舊無法挽回劣勢。但是，把沖田跟自己的哥哥-優一的身影重疊在一起的劍城，即使遍體麟傷也要為了守護對自己最重要的足球而不斷地努力奮戰。感受到劍城心意的沖田，終於找到了值得用性命來守護的事物。

第77集【圓堂守傳說！】，告別了坂本龍馬和沖田總司，天馬一行人從幕末時代回到了現代。在雷門國中的足球大樓中，天馬與菲和分體們展開特訓！此時，情緒高漲的汪達巴說出了「一起踢足球吧！」，這句話刺痛了天馬的心。因為這是一直以來鼓勵著天馬，圓堂守教練的口頭禪。為了搶回圓堂教練與足球，因此一行人展開了跨時空最強十一人的時空之旅。天馬與菲回想著到過的許多時代，與敵人進行的激戰，以及極限合體的過程。在結束練習回家的路上，遇到了帶佐助出來散步的秋。在充滿了許多回憶的河川邊，開始聊起了圓堂守的傳說……。

第78集【前往恐龍時代！】，雖然打倒了扎納克，但是仍然沒有搶回圓堂教練與足球……。剩下的方法只有一個，就是到未來去打倒埃爾多拉特。不過，埃爾多拉特有著比扎納克領域還要更加強大的最強隊伍-完美病毒。知道這件事之後的天馬一行人，繼續進行尋找跨時空最強十一人的旅程。7之力-可以自由自在地活用空間，稱霸空中的飛翔後衛！8之力-寄宿著太古之力，其牙之力可以劃破大海！具有爆發力的中場。為了獲得這兩股力量，這次來到了恐龍們存在的太古時代。

第79集【看到了嗎！恐龍之王！】，天馬一行人遇到了一位與恐龍一同生活，名為托普的少年。托普帶領天馬他們去見野獸之谷的老大-羅剋斯達。但是抵達洞窟的一行人，卻被洗腦過後的羅剋斯達所攻擊。托普和天馬他們費盡力氣，好不容易讓羅剋斯達灰恢復原狀，又馬上遇到了牠的宿敵-死亡之角襲擊而來。為了守護自己心愛的孩子，羅剋斯達奮力戰鬥。雖然擊退了敵人，但也因此耗盡了自己的生命……。羅剋斯達將自己的孩子-嗶克託付給了托普，而托普也為了守護嗶克，誓言要精進足球技術，希望自己能變得跟天馬他們一樣強大。

第80集【野獸之谷的決戰！】，終於出現在天馬一行人面前的完美病毒。面對他們壓倒性的力量，雷門完全無計可施，只能吞下慘烈的敗仗。雖然在即將被洗腦前，好不容易逃了出來，但是一行人無法隱藏輸球帶給他們的影響。這時，改變了全隊氣氛的人就是托普。只要變得更強，然後打倒他們就好！受到了托普的鼓勵，一行人為了取得7之力和8之力，開始與恐龍一起進行激烈的特訓。有了嗶克的鼓勵，托普也更加努力的練球，而且黃名子還成功叫出了化身－曉之巫女天照大神。

第81集【離別與吼叫之聲】，與完美病毒再次進行比賽的天馬一行人。這次全體在使出極限合體的狀態下進行比賽。但是，當完美病毒發動了電漿闇影之後，力量又向上提升了一個層次，雷門又再次趨於劣勢。而且此時，被坂卷洗腦過後的恐龍們也衝進了比賽場地，讓眾人無法發揮實力進行比賽。這個時候，黃名子問了菲，「為什麼你沒有使出全力」。菲被這突如其來的問題給嚇到了，而死亡之角也朝著菲衝刺而來！就在千鈞一髮之際，嗶克跳了出來擋在菲的面前。看到嗶克跨越了悲傷的樣子，為菲帶來了勇氣。而菲的真正力量也為之覺醒，他叫出了自己的化身-「光速鬥士羅賓」。

第82話【跳躍至傳說中！】，看到神童與太陽帶領隊伍的樣子，天馬頓時對自己是否能夠勝任隊長這頭銜而感到迷惘。就在這時候，為了增加實力以對抗越來越強大的敵人，一行人決定前往尋找新的力量。9之力！同時擁有野獸般的勇猛，以及賢者頭腦的自由後衛。10之力！有著絕對的勇氣以及無法動搖的執行力，連大地都成為夥伴的中場之王！而大介所選擇的，竟然是在故事書中登場的亞瑟王與霸王巨龍。雖然一行人對於要跳躍至一個幻想故事中感到不安，但還是前往了亞瑟王與圓桌武士的世界。

第83集【集合吧！圓桌武士！】，為了加入圓桌武士，成為了見習騎士的天馬與菲朝著亞瑟王的城堡前進。但在城堡裡，竟然愈到了走散的雷門十一人，而且他們全都成了由神童所率領的圓桌武士！更令人驚訝的是，加入圓桌武士的入團測驗竟然是足球！看樣子，似乎是因為在這個平行世界尚未建構完成之前就進行了時空跳躍，而使得所有人都成為了故事裡的一部分了。在不得已的狀況下，只好使出自己的實力，努力的與過去一同奮鬥的隊友們進行比賽。明明菲與分體們都按照自己的指示在行動，但是卻遲遲無法掌握到比賽節奏，天馬因此感到焦躁。

第84集【亞瑟王和霸王巨龍】，擁有賢者智慧的霸王巨龍襲擊亞瑟王所在的城堡，因為黃名子的捨身，替代了小葵被霸王巨龍囚禁於悲嘆洞窟裡。為了拯救黃名子，天馬一行人跟著亞瑟王一同踏上了冒險之旅。他們通過了群蛇環繞、永不熄滅惡火的層層考驗，亞瑟王毫不畏懼的勇者背影，看在天馬眼裡，卻警覺到自己領導能力的不足。身為球隊的隊長，究竟該如何正確的引領夥伴向前行，能力不足的自己是否有資格擔任這樣的領頭大任？而終於到達悲嘆洞窟的一行人，面對著狂暴襲來的霸王巨龍以及黑暗騎士，又該如何拯救被囚於鳥籠中的黃名子，王者之劍是否能為他們指引出未來…

第85集【恐怖的高速運算模式】，將霸王巨龍洗腦的黑暗騎士，真面目竟然是「完美病毒隊」的雷路克。面對啟動了「高速運算模式」的完美病毒隊，天馬一行人完全束手無策。天馬對於無法順利領導隊伍的自己，深深感到挫敗，認為自己沒有資格繼續擔任隊長。面對挫敗的天馬，亞瑟王僅告訴他「答案就在球場上」。下半場才剛開球，全員憑藉著鬥志進行了化身武裝，並跟完美病毒隊進行激烈的對決時。擔任後衛的黃名子卻因不甘示弱魯莽向前，而被對手的必殺技狠狠打倒。正當大家一籌莫展之時，應該已沉到湖底的霸王巨龍卻再次現身！

第86集【結束！雷門和埃爾多拉特】，和亞瑟王告別後的天馬一行人，突然被奇怪的光包圍並傳送到了一個未知的地方，並和同樣被傳送而來的三國學長及夥伴們意外相遇。埃爾多拉特的藤堂議長此時突然現身，並希望天馬一行人能夠和埃爾多拉特合作，共同對抗威脅未來世界的「次世代少年」。原來埃爾多拉特之所以讓足球從歷史上消失，全是為了守護世界。面對一百八十度翻轉的真相，隊友們幾乎難以置信。但是天馬憑藉一股傻勁，不希望在未來的世界足球被拿來當成戰爭的武器，因此下定決心合作。

第87集【盛大開幕！最終決戰諸神黃昏】，被「次世代少年」團團包圍的埃爾多拉特總部，因為遭受攻擊，整棟建築成了一座廢墟。領軍的人是之前曾經出現在天馬面前的謎之少年沙魯，並自稱是次世代少年中「進化世代」的領導者。沙魯宣告賭上世界未來命運的最終決戰「諸神黃昏」即將盛大開幕，並使用超能力將先前毀壞的埃爾多拉特大樓，重新變化成了一座諸神黃昏競技場。看到了這股驚人的力量，天馬一行人驚愕的說不出話，同時間，小菲突然莫名的頭痛而痛苦倒下。

第88集【覺醒的小菲】，諸神黃昏第一戰，進化世代派出「扎隊」，沒想到扎納克也在隊伍裡頭。而應戰的埃爾多拉特01，無論使出極限合體或是化身武裝，在扎隊的面前都完全派不上用場。身為隊長的劍城，在與扎隊進行激烈的攻防之後負傷倒地。不放棄的劍城和隊員們使出渾身解數，最後終於勉力搶回一分，為整體團隊帶來了無比的士氣。而看不慣扎隊骯髒手法的扎納克，則和隊友們起了內鬨。就在激烈的比賽中，小菲突然停止動作，在天馬一行人尚未會意過來之時，小菲突然轉身向自身的埃爾多拉特球門，踢出了一記強烈的射門…

第89集【時空最強的第十一人】，埃爾多拉特01雖然以五比一分數慘烈落敗。然而因為永不放棄順利奪回一分，對於天馬一行人的團隊起了莫大的鼓勵。另一方面，扎納克離開了進化世代、恢復記憶的小菲也離開了天馬一行人。沒有退路的第二戰，遇上的隊伍是擁有超強戰術的「基爾隊」。在比賽開始之前，扎納克出現在天馬一行人面前，並加入埃爾多拉特陣容成為夥伴。大介爺爺認定扎納克就是「同時具備熱風和雷鳴之力，近乎全能的足球選手」，也就是時空最強的第十一個人。

第90集【機器圓堂登場】，幫助陷入危機的埃爾多拉特隊02的人，竟然是運用先進技術將圓堂守能力資料植入後的機器人-機器圓堂。但是上半場已經落後三分，隊伍也仍然是一盤散沙。扎納克在場上失控踢著一人足球，阿爾法和其他成員雖依照神童的指示行動，卻也是徒勞無功。就在神童一籌莫展之時，坂卷教練向神童告知了一個神祕的數字，突然領悟的神童使出了進化後的必殺技「神之指揮棒」，將阿爾法和所有成員們的能力使用的淋漓盡致，終於順利追平比數。

第91集【小菲是敵人？】，賭上足球命運的諸神黃昏第三戰，面對一直以來的好夥伴小菲的離去，天馬始終無法忘懷。究竟是否還有機會搶回小菲，再次一同開心的踢足球，天馬感到惴惴不安。黃名子看穿天馬的不安後努力激勵他，既然是夥伴，小菲一定能感受到天馬的心意！沒想到走進最終決戰的球場後，出現在埃爾多拉特隊03面前的對手「卡魯隊」的隊長，赫然就是小菲！小菲冷冷地對天馬宣告，要對不認同自己的所有人展開復仇。聽了這一席話後，天馬的意志完全被動搖，毫無戰鬥意志。命運對決的第三戰正式揭幕…

第92集【吾乃最強】，那麼喜歡足球的小菲說出了冷酷的宣言後，使出了隱藏已久的驚人實力，天馬一行人陷入了苦戰，上半場落後兩分。正當大家一片愁雲慘霧之時，扎納克再次出現在大家面前。經過鍛鍊之後，終於和巨大颱風「柯拉羅傑」成功進行極限合體。並強勢宣布時空最強十一人的最後一名成員回歸！自信滿滿的扎納克加入隊伍迎戰下半場，展現了前所未見的驚人力量，並成功阻止了卡魯隊的進攻。雙方進行了激烈的攻防，究竟天馬的心意，能否順利傳達給小菲…

第93集【支援者X的真面目】，超級扎納克在場上的出色表現獲得空前成功，天馬為首的全體埃爾多拉特隊03成員們士氣大漲。一陣混戰後，終於追平分數。任何一方都沒有退路的一戰，每個人都使出渾身解數想奪下追加分數！而受到天馬的喊話影響，意志動搖的小菲卻感到非常痛苦。場外的沙魯隊小菲射出了冷酷的視線，為了確認小菲究竟是不是已回歸為進化世代夥伴，要求小菲放出強力的念動波襲擊天馬一行人！

第94集【集結！時空最強十一人】，以雙方平手告終的諸神黃昏之戰，為了能夠分出輸贏，在沙魯的提議之下決定舉行延長戰。支援者X向小菲說出了衝擊性的一件秘密，原來支援者X竟然是小菲的親生父親-阿斯雷魯恩，黃名子則是小菲的母親。誤以為自己被雙親拋棄的小菲，獲知原來一直以來雙親都在他的身邊守護著他。天馬也對小菲說：「你要回去的地方就是這裡」，讓小菲感動得說不出話，也決定要脫離進化世代，回到天馬一行人的身邊。也因小菲的回歸，時空最強十一人終於正式集結！

第95集【沙魯的力量】，因為小菲和阿爾諾博士的努力，終於將封印著圓堂守的時空之石成功的恢復為圓堂守！氣勢高漲的天馬一群人，以及最終決戰的教練圓堂守，對上由沙魯領軍的「拉古那爾隊」。為了能夠取得勝利，也為了能夠讓沙魯能夠了解足球的美好，天馬抱著這樣的信念。比賽一開始，時空風暴的全員便使出了合體變身迎戰。原以為一切都會很順利，沙魯卻不費吹灰之力截走了天馬的球，那是從沒見過的驚人速度。拉古那爾隊憑藉著這可怕的速度不斷得分！

第96集【猛攻！次世代少年！】，由沙魯率領的拉古那爾隊以空前絕後的驚人力量，強勢壓倒天馬率領的時空風暴隊。然而雖然處於劣勢，天馬一行卻仍有著旺盛的鬥志，以絕對要取得勝利的意志不斷地挑戰。以小菲和扎納克作為攻擊的起點，努力的展開反擊的戰術，卻完全無法見效。緊迫的戰局之中，又有可怕的狀況襲向時空風暴。沙魯突然幻化成野獸姿態，成為了凶暴的獸人。任何攻擊到了沙魯面前全被擊得潰不成軍，上半場比賽結束之後，無法隱藏挫敗感的天馬一行人，被沙魯認為沒有特別的力量、這樣的弱小人類應該被時代淘汰。

第97集【最後的時空跳躍！】，就讓你們看看我們的足球！時空風暴全員從危機之中思考出了全新的足球戰術，終於成功阻止了沙魯的射門，並使用了全員合體必殺技-「巨大圖騰」成功奪回一分！沙魯認為力量才是聯繫隊伍之間的重要東西。但天馬卻認為，開心的時候一起歡笑、難過的時候一起哭泣，這才是聯繫夥伴最重要的東西。面對解放所有力量的拉古那爾隊猛攻，時空風暴隊將所有力量合而為一反擊。集合時空最強的十一個人的隊伍，時空風暴將意念和力量化為一體，使出了全新的必殺技「最強十一人波動」！

第98集【足球終於回來了！】，200年後的未來，從沙魯率領的次世代少年中取得勝利的天馬一行人。進行了最後的時空跳躍，將一直以來的夥伴們送回各自的世界。雷門十一人也回到了現代。這是個已經解除了足球禁止令，每個人都開心地踢著足球的世界。和木野秋再會之後，天馬和小葵、信助，將跟小菲相遇之後、努力奪回足球的所有冒險故事，鉅細靡遺地描述給木野秋聽。回想著去過的各種時代、各個地點，那些相遇的夥伴們，都有著無法抹滅的重要回憶。無論何時，都希望能夠繼續用足球，跟所有的對手成為好夥伴！閃電十一人GO時空之石，令人感動落淚的最終回…