第48集【足球消失了！？】，雷門十一人在聖光之路大賽中獲得優勝之後過了3個月。足球終於脫離了第五院的控制，變回一項能讓所有人快樂踢球的運動。此時，天馬為了教導小朋友們踢足球，正巡迴於全國各地。但是，回到了久違的雷門國中之後，卻沒看到足球社的社員們。聽到其他學生說「雷門國中沒有足球社」。而且就連在聖光之路大賽中一起奮鬥的神童與三國，也都不記得自己踢過足球，甚至也不記得天馬了。就在大受打擊的天馬面前，出現了一位很神奇的少年。他說他是為了完成自己的使命而來，而天馬記憶中的足球也即將要被消去。雖然天馬試著想要阻止，但是……

第49集【穿越時空的天馬！】，受到神秘的少年．阿爾法所襲擊的天馬。再千鈞一髮之際救了他的人是來自於200年後未來的少年．菲。天馬與菲與阿爾法所率領的隊伍「奧美迦協定」進行了足球比賽。他們的隊長-阿爾法，能夠使出一股名為「化身武裝」，能將化身變為鎧甲穿在身上的能力，這是能夠提昇速度與技巧，超越一切常識的力量。與擁有這種能力的阿爾法對抗，天馬也只能望塵莫及。上半場比賽結束之後，雖然靠著使出神秘力量的菲以及新絕招的天馬勉強能與之對抗，但對阿爾法卻都沒用。

第50集【復活吧！雷門！！】，想要消滅雷門足球社，以及足球存在而展開行動的「埃爾多拉特」。為了阻止他們，天馬與菲靠著時空跳躍回到了雷門國中足球社的起點，也就是過去的雷門國中，並且遇到了才剛入學的圓堂守。在那裡，阿爾法等人又再次出現，並且為了奪走圓堂的足球而展開比賽。看到以凌厲的手段攻擊天馬等人的阿爾法，圓堂感到非常憤愾，因而使出了必殺技擋住了阿爾法的射門。看到圓堂如此表現的天馬與菲，也激發出了自己的潛力。這時，很了解天馬的那位少年，也出現了……

第51集【最後的足球】，結束了與阿爾法的比賽之後，成功保護了圓堂與雷門國中足球社的天馬等人，為了確認歷史是否變回原狀而回到了雷門國中。這時，雖然神童與其他社員們都回到足球設了，但是卻沒看到劍城。原來，這是因為先前在比賽中幫助了他們的劍城哥哥-優一存在的關係。為了取回有劍城京介所在的那雷門足球社，天馬又再次回到了過去。在那之前，雖然優一很希望能再一次與京介一起享受踢足球的樂趣，但是京介卻拒絕了他的邀請。看到了這樣的京介，天馬試著把自己的想法傳達給他知道。

第52集【驚愕！足球禁止令！！】，不讓歷史產生改變的話，不論如何都得要獲得勝利。天馬等人這次與為了弟弟而努力奮戰的優一共同戰鬥，希望能夠奪回有劍城在的雷門國中足球社。但是，開心的時光沒有維持多久，政府頒布了新的法律，禁止了所有人踢足球。好不容易奪回的雷門國中足球社，也面臨了廢社的危機。這一切的起因，都是來自於日本親善比賽日本代表對美國代表做出的暴力行為，使得對方受到嚴重的傷害，也讓足球被歸類為一種野蠻的暴力運動。

第53集【驚訝！奧美迦協定2.0！！】，在日美親善大賽中，代替日本代表與美國代表進行比賽的奧美迦協定2.0與雷門十一人。不知為何沒辦法順利使出化身武裝的天馬，就在居於劣勢的狀況下，上半場比賽就結束了。此時的他們認為只能靠化身來扭轉劣勢。但是比賽到了下半場，奧美迦協定2.0開始做出種種危險的行為，無視於裁判亮出的紅牌，繼續在場中擾亂比賽。如果繼續放任他們這麼做，那麼歷史就無法改變了。人們會認為足球就是一種野蠻又暴力的運動，因而造成足球禁止令的頒布。

第54集【神之伊甸的特訓！】，沒辦法改變頒布足球禁止令的歷史，而且連圓堂教練都落入了埃爾多拉特的手中，而且還加上雷門十一人的隊員們對足球的熱情也被剝奪，天馬等人被完全孤立了。為了奪回教練跟夥伴，只能加強自己的實力，打倒奧美迦協定2.0。為了要打倒他們，就必須要提昇自己的力量，至少要學會化身武裝才能夠與之對抗。因此，天馬等人繼承了雷門的傳統，打算開始進行一連串的特訓。但是，因為足球禁止令的關係，連能夠進行特訓的地方都沒有。一想到那些被洗腦而討厭足球的夥伴，大家都變得很意志消沈。

第55集【完全掌握！化身武裝！】，不容許埃爾多拉特繼續干涉歷史。為了救出圓堂教練，豪炎寺對天馬等人伸出了援手。他為天馬他們準備了特訓用的場所，那就是過去第五院為了培育究極選手而使用過的訓練設施，神之伊甸。以「傾聽化身的聲音」為線索，展開武裝化身特訓的天馬等人，但是遲遲沒有進展。此時，奧美迦協定2.0的成員又再次出現在他們面前，並且提出挑戰。無法使出化身武裝的天馬等人，完全無法招架敵人為了復仇而做出的攻擊。就在即將分出勝負之時，出現了一個神秘的化身，並且把天馬一行人給帶走了。

第56集【拿到霸者聖典吧！】，天馬終於獲得了真正的化身武裝之力。但是，因為足球禁止令的關係，雷門國中的足球大樓即將被拆掉，與足球有關的事物也漸漸地消失中。為了救出被封印起來的圓堂教練，每個人都得要獲得化身武裝的力量，打倒奧美迦協定2.0才行。能讓每個人變強的線索，說不定就在一本被稱為『霸者聖典』的書裡。這是由傳說中的足球選手-MASTER-D所寫下，記載著最強足球隊秘密的一本書。於是，為了取得這本聖典，天馬一行人來到了200年後的未來。『霸者聖典』可是說是MASTED-D對足球的熱情所凝聚而成的精華，因此被嚴密地保管於博物館當中……

第57集【衝擊的會面！圓堂大介！！】，天馬一行人，順利地在200年後的未來獲得了『霸者聖典』。但是，由於聖典是由暗號所寫成的，因此完全沒有辦法解讀內容。而且，就算想要找寫下這本書的MASTER-D本人問個清楚，也不知道他究竟是誰，就在天馬等人束手無策的時候，突然來到的春奈與秋，居然從她們的口中得知一個驚人的事實。這本聖典跟圓堂教練的爺爺-圓堂大介留給圓堂的筆記長得很像。MASTER-D很有可能就是圓堂大介。為了確認是否真為如此，天馬等人與鬼道一同前往與大介見面。

第58集【找出來吧！時空最強的十一人！】，看到雷門國中與奧美迦協定2.0的比賽，圓堂大介主動提出要擔任雷門的教練。他給了隊員們一句話「通往勝利的道路就是3D！」，於是天馬等人一邊思考著這句話的意思一邊在比賽中找尋答案。於是，雷門十一人從敵人的動作中領悟了新的必殺戰術-利用整個球場上四處分散的點，讓敵人無法掌握球的位置之後，再傳給天馬進行射門。而且，劍城也因為大介的話，成功使出了化身武裝，也讓雷門逆轉勝利。

第59集【我們來了！ 信長所在的城鎮】，為了達成大介所構思的究極之夢-跨時空最強十一人，於是天馬一行人展開了旅程。首先，為了尋找「同時擁有看透人心以及看穿大局，靜與動兩種特質的真實攻擊策動者」，於是前往了織田信長的時代。來到了尾張國的他們，看到眼前宛如時代劇一般的風景，難忍心中興奮之色。雖然馬上就開始尋找跟信長有關的線索，不過卻不是很順利。就在這時候，天馬跟信助遇到了把繩子綑成球在踢的太助等人，並且跟他們一起踢起了足球。

第60集【白鹿組大混戰！】，天馬一行人追著被綁走的太助等人，來到了白鹿組的基地。不過，出現在他們眼前的卻是被稱為「紅菊」的大姐頭，也就是奧美迦協定2.0的隊長-貝塔。她使用了天球裝置，操控著白鹿組的所有人。想要救出太助的夥伴，就得要用足球擊敗被操控的白鹿組。於是，天馬一行人加上太助等人展開與白鹿組的比賽。但是，由於是第一次踢足球，所以太助他們完全不懂規則跟踢法，相對的，白鹿組則因為獲得了貝塔的力量，所以展開了激烈的攻勢。

第61集【潛入！舞者大作戰】，白鹿組供稱是受了今川義元的委託，所以才會綁架小孩去當士兵的。由於貝塔等人決定協助信長的敵人-今川義元，歷史可能也會因此改變。為了能夠接近信長，汪達巴所想到的方法是，打扮成舞者潛入宴會中就可以接近信長了。於是，天馬一行人請求太助的姊姊-阿勝，教他們跳舞。另一方面，神童為了讓自己成為能夠容下信長氣場的容器，努力進行特訓。為什麼自己沒辦法使出化身武裝，為此感到十分困擾的神童，因為阿勝溫柔的話語，也讓他找到成功的關鍵。

第62集【尾張國的大特訓！】，多虧了木下藤吉郎的計謀，好不容易潛入賞花驗會的天馬一行人。雖然不是以跳舞，而是以足球技巧吸引到了信長的目光，但卻因為貝塔的策略而被誤認為刺客。被抓起來進行審判的天馬一行人，被信長問到是否是來刺殺自己的，此時神童毅然決然地回答說，自己來自於未來。此時，奧美迦協定2.0的成員以今川義元家臣的身份出現，並且提出以蹴鞠＝足球來一決勝負的提案。神童也當場提出，希望由雷門一行人來與之對決。

第63集【愚者祭典的決賽】，就在織田信長與今川義元的觀看之下，蹴鞠戰終於開始了。以信長軍代表出戰的天馬一行人，各個繃緊神經準備應戰，就連太助他們也學會了聯手必殺技。但是，兩隊力量的差距一目了然，面對奧美迦協定2.0壓倒性的攻擊，雷門完全束手無策，而太助等人也因為不安而失去了自信。雖然太助一個人很努力想挽回，卻完全敵不過貝塔強大的實力。為了幫助太助而消耗過多體力的天馬等人，仍然無法好好地彼此配合，因而在落後的狀態下迎接了上半場比賽的結束。

第64集【夢的天下】，由於太助使出的「一夜城」十分有效，讓天馬等人再度打起精神進攻。不過，發動了幽靈極限合體的奧美迦協定2.0，實力大為增加，於是又被他們給得分了。雖然加強了防守陣容之後，勉強能夠擋下對方的攻勢，不過遲遲無法順利使出化身武裝的神童開始顯得浮躁。而信長也在此時出口斥責神童，說是他導致了這場比賽的失敗，並且提出了一個問題，「你真正的職責是什麼？」。因為這樣的一句話，讓神童的想法為之改變。之後，比賽進行到了後半段，藤吉郎提出了一個不讓神童碰球的作戰。

第65集【大家都回來了！】，成功使出了化身武裝，並且獲得了信長之力，身為攻擊策動者的神童獲得了極大的成長。雖然未能搶回圓堂教練，但由於贏過了奧美迦協定2.0，得以解除夥伴們的洗腦，也讓非常喜愛足球的雷門十一人回到過去的模樣。但是，霧野看到有了這麼大成長的神童，心中開始浮現類似嫉妒的感情而感到困擾。在這時候，天馬一行人的面前出現了一位名為「花菜黃名子」的神秘少女……。

第66集【鎧甲少女】，為了獲得聖女貞德的力量，天馬一行人跨越時空所來到的地方是中古世紀的法國。雖然一度被誤認為是敵方的間諜，但總算還是見到了貞德本人，並且獲准與她同行。受到嚴密監視的天馬一行人，很自然地練習起了足球。見到這一幕的貞德，也開始對足球產生了興趣，天馬一行人也藉此告訴貞德，他們是為了守護對自己來說最重要的事物-足球而來。另一方面，以康曼為新隊長的奧美迦協定3.0，也跟在雷門十一人身後來到了這個時代，但是卻遭到逃離無限監獄的扎納克．阿巴洛尼庫給襲擊。很輕易就擊倒了康曼的扎納克，賜與了他們一股恐怖的力量。

第67集【火焰中的足球】，聽到了神的旨意，想要拯救長年來陷入戰火的法國，聖女貞德挺身而出。為了解放被敵軍所佔領的城鎮-奧爾良，就必須要向查理王子請求援軍才行，因此貞德拜託天馬一行人擔任她的護衛，前去會見查理王子。雖然最後查理王子答應與貞德見面，不過周遭的人還是對她投以懷疑的眼光，在這樣的情況下，貞德也隱藏不住心中的不安。這時候，天馬一行人給了她鼓勵，而且霧野也以僕人的身分與貞德同行。抵達謁見之間後，貞德竟然對著眼前的查理王子說他並不是本尊。

第68集【在此旗下的誓言】，貞德認為，想要獲勝就只能趁英格蘭軍的援軍尚未抵達前進攻。天馬一行人雖然想前往幫助貞德，但是此時由扎納克所率領的奧美迦協定3.0卻出現在他們的面前。如果不打倒奧美迦協定3.0，援軍就無法前往幫助貞德。天馬一行人雖然接受了這場比賽，但是獲得了扎納克力量的康曼等人，展開了非常劇烈的攻擊。雷門十一人的所有動作都被看透，並且被封鎖。無法隨心所欲展開攻勢的雷門，聽從了擔任教練的查理王子所下的指示，進行了莫名其妙的戰術。

第69集【劉備是個有趣的人！】，雖然學會了化身武裝，但是敵人也變得更為強大了。因為非得守住雷門球門的想法，反而讓自己太過努力而無法好好發揮本身實力的信助，三國給了他不要害怕失敗的建議。另一方面，為了組成跨時空最強十一人的隊伍，天馬一行人這次跨越了時空來到了三國時代。下一道力量是「可以看穿未來，透過推理而給予敵人迎頭痛擊，正確無 比的中場。」、「能夠統御大國的能力。有著強韌的行動力與執行力的鐵壁守門員！」，這兩股力量的擁有者是諸葛孔明與劉備。三國勉勵信助，希望他一定要成功獲得劉備的力量。

第70集【驚人！孔明之館！】，天馬一行人與劉備一同潛入了孔明的要塞。但是，不但關羽與張飛被洗腦，還遇到了新的敵人向他們提出足球戰的要求。比賽中，應該是守門員的劉備竟然跑進球場踢球。即使遇到這麼多危機，最後還是勉強獲得了勝利。繼續往深處前進之後，因為劉備魯莽的行動，一行人陷入了要塞中的陷阱。看到這樣的劉備，信助終於按耐不住自己的怒氣大發雷霆。天馬一行人克服了重重難關之後，竟然遇到了機關兵馬俑要向他們進行足球戰。

第71集【激戰！扎納克領域！】，因為劉備說的話，身為守門員的信助有了顯著的成長。與機關兵馬俑的戰鬥獲勝之後，終於有辦法見到孔明了。但是，面對劉備的請求，孔明露出一副漠不關心的樣子…這時，由扎納克所率領的扎納克領域出現在眾人面前，並且要求進行足球比賽。天馬一行人請劉備擔任教練與之對抗，但是扎納克領域卻以好玩的心態，輕鬆地在球場上玩弄著雷門十一人，並且不斷地得分。雖然大家都很努力應戰，但是太陽似乎沒有發揮出自己應有的力量。