第1集【出發前進！鐵道小英雄】，2100年，開發「雷射鐵軌」的鐵路基地召集了鐵道小英雄。才剛報到一個月就接到了緊急出動命令，舉辦慶祝活動的空中車站發生了事故，抵達現場的鐵道小英雄立刻投入救援行動，卻不免失誤連連。這時有個小孩就要從空中車站掉下去了，他們能不能順利救出所有受困民眾呢…？

第2集【鐵路基地】，空站救援活動結束後，鐵道小英雄每天都在進行同樣的基礎訓練。阿爾的心中浮現了一個疑問：「尼爾教官是怎麼當上教官的呢…」。為他們解開這個疑惑的，是尖端技術組長馬克博士。他對鐵道小英雄們說起十年前發生的事件、當時尼爾是如何救了菈迪亞公主。

第3集【發生森林大火】，鐵道小英雄們正在受訓時，阿克涅隊長傳來求救。北國發生了森林大火，而有一列載滿乘客的火車正開進那座森林。立刻前往救災的鐵道小英雄們，被困在因火勢延燒被斷木阻塞的鐵軌，阿爾和阿豪努力地要清出去路，卻完全無法前進。薩姆的雷達也因高溫無法發揮作用，找不到列車的位置。此時薩姆卻突然脫隊！究竟鐵道小英雄們能不能救出乘客、撲滅森林大火呢…？

第4集【氾濫的河川】，大雨讓里昂河的河水暴漲、大水沖斷了鐵橋，而一台列車正卡在鐵軌上動彈不得！地球救難隊千鈞一髮之際拉住了列車，然而還是需要鐵道小英雄的協助。鐵道小英雄們雖然即刻趕到，但橋墩崩塌的情形下，他們也很可能會掉進水裡。此時薩姆利用阿豪和阿爾的極速擬定了一個大膽的作戰計劃！這個計畫究竟會不會成功呢？

第5集【洞窟的危機】，被大雨淹沒的藍色半島國家公園。受到雨勢影響，發生了土石流，將列車困在洞窟中。車上坐著正要去渡假的菈迪亞公主和管家。尼爾教官直接指示剛結束里昂河任務的阿爾、阿豪和薩姆出動。趕到現場的阿爾卻因為平時沒有做好維修而發生狀況，他們能不能平安救出所有乘客呢？

第6集【安妮在哪裡】，在鐵路基地的地下空間正在進行能源開發工程。鐵道小英雄們對於底下有鑽石的傳聞很感興趣。此時地下空間傳來請求安妮支援的訊息。在薩姆的引導下前往急救的安妮，突然與薩姆斷了連繫。擔心的鐵路小英雄們聽到安妮的慘叫，阿爾、阿豪和薩姆趕忙前往現場。在那邊究竟發生了什麼事呢？

第7集【停電！！】，馬上就要進行雷射鐵軌試跑的鐵道小英雄，一早就開始進行訓練，沒想到鐵路基地突然停電。在修復進行的同時，鐵路小英雄只能靠備用電源活動。沒想到這時候發生需要救難的情況，阿克涅隊長請他們到海岸協助救助擱淺的貨輪。無法隨心所欲行動的鐵道小英雄們該怎麼進行救難呢？

第8集【沉沒的沙漠】，因為地球暖化逐漸沙漠化的大地，娜塔莉亞隊長率領的地球救援隊．綠色小隊，組成運輸小隊運送救援物資，但他們的卡車卻卡在沙谷上，腳下的沙開始崩裂。卡車掉落沙谷是遲早的事，而卡車上還寫著「Danger（危險）」的字樣…。鐵道小英雄們接到出動訊息趕到現場，卻陷入苦戰。

第9集【秘密回憶】，深夜裡馬克博士獨自研究鐵路小英雄的緊急輸送系統的開發，正在煩惱的時候，碰到了準備自己的裝備的阿豪。馬克和阿豪看著的星空中，在宇宙另一端發現地球型新行星、人造衛星謬斯正在返航途中。和阿豪在同一座工廠出生的謬斯接收到了地球的電波，看見鐵道小英雄們在救援活動中活躍的表現。

第10集【謬斯與阿豪 上集】，鐵道小英雄們來到鐵路基地集合已經過了幾個月。阿豪跟阿爾以加速訓練為主，每天進行速度上的特訓。阿豪雖然不斷刷新紀錄，看起來卻一點也不開心。為什麼阿豪會這麼執著於訓練呢？這時候，謬斯返回地球的新聞在全世界播放。阿豪想起了從前跟謬斯聊天、以及送謬斯出發前往宇宙的回憶。

第11集【謬斯與阿豪 下集】，從宇宙探索的旅程返航的繆思，在抵達地球前被碎片撞擊失去控制。謬斯向宇宙中心發出求救訊號，鐵道小英雄也接到了求救。但尼爾和馬克卻決定...無法放著謬斯不管的阿豪決心獨自前往宇宙空間。顧慮到阿豪的心情，夥伴們也決定護送阿豪出發。

第12集【救出所有居民 上集】，亞雷斯達利亞領土中的米克羅諾斯島遭受前所未見的巨大颱風襲擊。地球救援隊向鄰近的國家請求援助，菈迪亞公主也前往救援，但風暴很快就來襲了。收到出動請求的鐵道小英雄們利用廢棄的鐵路，從海底隧道前往島嶼。在島上協助最後一艘飛行船、也就是菈迪亞公主的船起航後，阿爾獨自留下尋找有沒有沒上船的居民。然而海水馬上就要淹沒海底隧道了。

第13集【救出所有居民 下集】，載滿了居民的安妮和艾特前往海底隧道，安妮一心想救出居民們，努力模仿之前看過的阿爾他們的加速法突破淹水的隧道。此時，找到留在島上的一家人的阿爾，為了救小朋友而受了傷。載著這家人的阿爾雖然想前往亞雷斯達利亞，卻因為水庫洩洪而被完全淹沒的海底隧道困住。夥伴們都先行離開，阿爾只能孤軍奮戰了…此時突然有人伸出援手！

第14集【龍捲風來襲！然後…】，鐵道小英雄們來到鐵路基地已經半年了。他們的能力突飛猛進，但負責開發的陶比和馬克卻依然有疑慮。此時，東方小鎮很有可能會形成龍捲風，地球救援隊請求他們的協助，為了協助居民們避難，鐵道小英雄們緊急出動。然而在巨大龍捲風前，他們束手無策。就在此時，有人來到了他們的身邊。

第15集【拯救新型飛行船】，傅萊博士和馬克從大學時就是好友、同時也是競爭對手。雖然同為研究學者，最後卻走上了不同的道路。馬克相信搭載了人工智慧的鐵道小英雄的能力、努力開發雷射鐵軌；傅萊則是獨自開發新型引擎、研發大行飛行船「杰克」。雖然飛行測試十分順利，但卻發生了突發狀況！需要救援的傅萊，等到的正是鐵道小英雄們的身影。

第16集【火山爆發 守護城鎮！上集】，以火山聞名的斯洛那國．奇羅斯島，靠近火山口的奇羅斯鐵路總是有許多觀光客，這條鐵路的招牌看家列車「西蒂」也很受歡迎。某一天，火山開始活動了。西蒂拼命想救大家，突然出現在他眼前的是和他一樣都搭載了人工智慧的鐵道小英雄們。西蒂帶著薩姆、阿豪、安妮，一起前往火山口車站。在火山彈不斷噴發的危機中，他們能順利到達車站嗎？

第17集【火山爆發 守護城鎮！下集】，西蒂等人平安抵達火山口車站，但下山的唯一鐵橋卻被火山彈擊中，形成巨大的撞擊坑。阿豪想出了「魔法飛毯」作戰策略，平安將所有乘客送下山。然而火山的能量還在釋放，噴發而出的熔岩往山下的城鎮漫延。為了拯救還在島上的觀光客及這個小鎮，鐵道小英雄和西蒂合力挖掘通往海裡的引流道，在此同時，熔岩已經向他們逼近！

第18集【下雪的夜裡】，艾特的出身地亞洛普村，每年冬天都會因為大雪導致交通癱瘓而封村。艾特接到了菈迪亞公主的請求，要送聖誕禮物給村子裡的小孩。寂靜的深夜中，艾特獨自帶著禮物向亞洛普村出發。艾特被大雪卡在路上，為了繼續前進，只好先進行除雪的工作。但自己獨自作業的進度太慢，遲遲無法出發，這時背後傳來了呼喚他的聲音，原來是夥伴們追了上來…

第19集【阻止失控列車！】，2095年、鐵路管理局為了列車的行駛安全開發了鐵路安全系統，但五年間一直沒有發生重大事故而被遺忘了。某一天，發現了一輛衝往鐵路基地的失控列車，沒想到那卻是鐵路安全系統設計的。鐵路管理局決定將鐵路安全系統報廢，沒想到馬上就真的發生了列車失控事件！向鐵道小英雄們下達指示的是…？

第20集【鐵路基地的危機！上集】，特拉德王國的軍隊委託娜塔莉亞隊長回收五年前開發後廢棄的電腦系統硬碟，她將這個危險的任務轉而委託鐵道小英雄，沒想到安妮因此感染病毒，很快地就擴散到整個鐵路基地的電腦。此時傅萊博士告知他手上有破解程式，阿爾等人準備出發去拿，但鐵路基地已經被地球救援隊全面包圍了。

第21集【鐵路基地的危機！下集】，靠著艾特和察爾的犧牲，得以突破地球救援隊的包圍網的阿爾、阿豪、薩姆和西蒂，成為全世界通緝的失控列車。要救夥伴們的時限只有8小時！這時薩姆也決定引開救援隊，夥伴一個個犧牲，阿爾等人終於來到傅萊博士身邊。究竟他們能不能躲過地球救援隊的追捕，成功拯救鐵路基地呢！？

第22集【穿越時空的鐵道小英雄 上集】，使用火箭輔助進行雷射鐵軌試行測試的阿爾、阿豪和薩姆，在工作人員和夥伴的守護下，達到6馬赫的瞬間、他們的身影從鐵軌上消失了。回過神來發現他們身處陌生的土地，原來他們穿越時空回到了10年前，但當時鐵路基地還沒有建設，他們到底該何去何從呢？

第23集【穿越時空的鐵道小英雄 下集】，阿爾、阿豪和薩姆回到10年前，遇見尼爾的時候，正是菈迪亞公主事件的前一天。因為提出警告而搏得尼爾信任的三人，和尼爾討論如何回到2100年。尼爾找多比商量的結論，是重現同樣的情況、並以相反的方式操作，就有可能回到2100年。為了滿足所有條件，尼爾想出了一個對策，在尼爾的指示下，三人偷偷潛入了特拉德王國的武器廢棄場。出現在他們眼前的竟然是…！

第24集【雷射鐵軌 準備完成】，鐵路基地設立1年了，為了向世界發表雷射鐵軌與鐵道小英雄，亞雷斯達利亞王國舉辦了盛大的發表會。活動當天，鐵到小英雄們到場跟國民進行互動，阿爾試著跟小朋友玩，但卻不是很順利。在活動的高潮，就要發表雷射鐵軌的時候，發生了意料之外的事件。

第25集【烏雲籠罩的天空 上集】，地球開始發生頻繁的隕石墜落事件。進行超高航線巡邏的地球救援隊隊長阿克涅，發現有直徑約100m的巨大隕石朝米克羅諾斯島而去。很快的，周邊各國都收到消息，亞雷斯達利亞也忙著應對。同時，鐵路基地也決定緊急出動鐵道小英雄派出前往迎擊，但是出現在那裡的菈迪亞公主態度冷淡。她和阿爾之間無法弭平的隔閡引發了嚴重事態。

第26集【烏雲籠罩的天空 下集】，隕石騷動尚未平息，在宇宙空間探查的謬斯又發現了比襲擊米克羅諾斯島的隕石還要大五倍的威脅，正朝地球前進。馬克想到了唯一一個阻止隕石的作戰方法，那就是讓鐵道小英雄在鋪成網狀的雷射鐵軌上接住隕石。可是，這也是鐵道小英雄們第一次上雷射鐵軌行駛。更糟糕的是阿爾還因為先前的重傷而在生死邊緣掙扎。究竟他們能不能拯救地球呢！！