落魄商人大鬍子帶著他的狗滋娃娃來到了神秘森林。大鬍子要在森林中找到一種具有智慧的水果——神秘的果果一族，並決定用果果們釀造自己的新果醬，東山再起。而在果果部落裡，椰子伯表面上是果果學院內一個瘋瘋癲癲的掃地老伯，實際上是守護果果一族和森林的特工。椰子伯發現了大鬍子的陰謀，無奈於自己年事已高，他決定找到新的繼承人，對抗大鬍子。橙大力、菠蘿釘、貪吃果三個果果是果果學院的後進生。

大鬍子發明了烏雲機，他想讓大雨在森林裡引起水災，破壞果果部落，讓果果一族無家可歸。持續上漲的河水讓椰子伯感覺事有蹊蹺，這場雨不像自然形成的，椰子伯讓果果別動隊出動調查，但是貪吃果很怕雷聲和閃電，不敢行動。橙大力和菠蘿釘兩個果果出發，他們發現這場暴雨是烏雲製造機導致的，兩個果果在控制烏雲機的過程中把烏雲機弄壞了，還被雷電擊暈。

青梅校長教果果們自己動手製作隱味香包，香包中有自然植物的香氣，能幫果果們躲過滋娃娃的嗅覺探索。大家外出採集香包中的材料並製作香包，菠蘿釘不想自己動手，他打算拿桃嘟嘟做壞了的一個香包隨便交差。而在不遠處，大鬍子正帶著滋娃娃在森林中尋找果果們的踪影。大家發現了大鬍子，分開躲了起來。滋娃娃沒有聞到攜帶香包的果果們的氣味，正打算離開。此時菠蘿釘香包中的藥草掉了出來，香包的作用消失了。滋娃娃發現了菠蘿釘的氣味，抓住了菠蘿釘。

菠蘿釘不想上課，他看見鬧肚子的貪吃果可以休息，決定裝病不上課。菠蘿釘誇張地向青梅校長描述了自己生病的症狀，青梅校長誤以為菠蘿釘咳嗽得厲害，青梅校長召集果果們和自己一起外出尋找藥草。另一邊，大鬍子發明了迷魂槍，能把果果們迷暈。大鬍子非常得意，和滋娃娃外出尋找果果們。尋找藥草的果果們遇到了大鬍子，被迷魂槍迷暈，被大鬍子抓住。艱難逃出的橙大力回到學校向椰子伯尋求幫助，菠蘿釘知道了事情的來龍去脈，非常愧疚。菠蘿釘和貪吃果出發，到大鬍子的城堡把果果們都救了出來。

大鬍子發明了催眠魔盒，它可以催眠果果們聽自己的話。青梅校長帶學生出來採摘食物，青梅校長發現了大鬍子在附近，她決定孤身一人引開大鬍子，保護學生們，沒想到卻被魔盒催眠了，大鬍子命令青梅校長將全村的果果全都帶到自己的城堡來。果果們回到村子，正擔心校長不知道去了哪裡時，被催眠的青梅校長出現，把果果們都催眠了。正在睡懶覺的貪吃果逃過了一劫。貪吃果醒來後，在椰子伯的指導下前往大鬍子的城堡，解救了果果村民，並利用催眠魔盒整蠱了大鬍子。

外語課，果果們要外出學習動物的語言，模仿動物的叫聲，學蝴蝶、昆蟲的唇語等。在青梅校長的吩咐下，橙大力、菠蘿釘、貪吃果三個果果來到森林中找動物們練習外語，但是卻雞同鴨講，果果們覺得學習外語沒有用。而發現果果們正在學習動物語言的大鬍子心生一計，他在滋娃娃身上裝上發聲器，將滋娃娃打扮成蝴蝶狗去和三個果果對話。三個果果發現話能說通，非常興奮，向蝴蝶狗請教如何學外語。此時大鬍子出現，把橙大力和菠蘿釘抓了起來。

晚上，同學們圍在沒有開燈的教室中間，甘蔗四兄弟正在聲情並茂地講黑夜巨獸的故事。大部分果果都覺得很嚇人，而菠蘿釘卻覺得這個世界上根本沒有黑夜巨獸，沒什麼好害怕的。夜晚，菠蘿釘獨自走在森林中，誤把夢遊的椰子伯當成黑夜巨獸，嚇得跑走。甘蔗四兄弟騙菠蘿釘說森林中有一種會發光的泉水，喝了就能增加勇氣。菠蘿釘決定去尋找泉水，而甘蔗四兄弟偷偷跟上，想繼續捉弄菠蘿釘。

葡萄妹和靚莓莓一起製做出了好吃的點心，受到了大家的歡迎。在試吃點心的過程中橙大力和菠蘿釘說錯話，讓葡萄妹和靚莓莓之間產生了誤會，都認為對方想獨占功勞，一拍兩散。誰知散伙後，葡萄妹和靚黴黴都做不出好吃的點心了。兩人外出尋找做出好吃點心的素材，卻遇到大鬍子，被抓走。身陷險境的兩個果果終於和好，她們藉口幫大鬍子製作果醬配料，實際上卻合作讓食物的香氣飄出大鬍子的城堡。果果別動隊通過食物的香氣發現了兩個果果的所在之處，救出了兩個果果。回到部落，葡萄妹和靚莓莓繼續合作製造出好吃的點心。

橙大力為人熱心，非常喜歡幫助別人，但在幫忙的過程中每次都不得要領，越幫越忙。椰子伯委託果果別動隊看守果果河，因為果果河的河水，一年之中有一天會有著將物種變大的神奇功效。椰子伯希望別動隊不要讓不知情的果果喝下河水，引起意外。在看守果果河的過程中，橙大力無意中掉進河裡，身形變得無比巨大。傷心的橙大力靈光一閃，覺得變大的自己就可以打敗大鬍子了。隨即橙大力便去大鬍子的城堡將大鬍子抓住。但沒想到大鬍子是故意被抓，這樣就能找到果果村了。

果果們夜晚外出放河燈許願。夜晚外出讓膽小果非常害怕，他放河燈許願希望自己能變得勇敢，成為大家的英雄，卻遭到甘蔗四兄弟的嘲笑。大鬍子被河燈吸引前來，抓住了許多果果們。膽小果無意中被拋進河中，大鬍子誤以為頂著水草的膽小果是河神，為了救出夥伴們，膽小果將錯就錯。在果果別動隊的幫助下，「河神」膽小果展現出了許多神奇的力量，矇騙了大鬍子，讓大鬍子把抓到的果果們都丟進河水中。大家一進入水中就紛紛逃跑，大鬍子才知道自己上當受騙。回到果果村，大家對膽小果改觀，紛紛誇獎膽小果是大英雄。

甘蔗四兄弟想給生活找點樂子，開始撒謊整蠱同學們，最後連老師都不放過。看到果果們紛紛「中招」，甘蔗四兄弟非常開心，大家紛紛指責甘蔗四兄弟。見同學們都對自己有所提防，四兄弟覺得不過癮，便打算去森林中整蠱動物們。結果遇到了滋娃娃，他們打算整蠱完滋娃娃就跑路，卻沒想到大鬍子就在附近。大鬍子抓住了三條甘蔗，得以僥倖逃回來的老大酸酸蔗，跟果果們說了這件事，結果沒人相信他。酸酸蔗吞下了整蠱道具誠實包子，果果們才相信酸酸蔗說的是真的。果果別動隊出動救回了剩下的甘蔗三兄弟。甘蔗們在青梅校長的教育下承認錯誤，知道說謊捉弄別人是不對的。

龍果果教授發明了火力膏藥，葡萄妹誤把膏藥當成糖漿加進了漿果中，吃了漿果的貪吃果渾身發燙，生命危險。大家用盡方法都無法幫貪吃果降溫，龍果果教授指出只有冰塊才能幫貪吃果降溫，挽救他的性命。但是去哪裡找冰塊呢？菠蘿釘想起人類有冰箱這種東西，他決定帶著貪吃果去找大鬍子。橙大力、菠蘿釘、貪吃果三個果果溜進了大鬍子的城堡，在三人找到冰箱的時候，大鬍子回來了。果果別動隊出擊，菠蘿釘和橙大力引開了大鬍子的注意，貪吃果躲進了冰箱。最後貪吃果把大鬍子的雪糕全部吃完，身體成功降溫。

大家都很好奇桃嘟嘟的運氣怎麼能這麼好，桃嘟嘟猜測可能和幾年前她撿到了一個幸運硬幣有關。桃嘟嘟把幸運硬幣帶來學校，引起了大家的圍觀，在橙大力和菠蘿釘的搶奪下，硬幣掉進河裡不見了。弄丟了硬幣，桃嘟嘟非常傷心，橙大力三人很愧疚，決定去找一個硬幣補償桃嘟嘟，但硬幣只有人類才有，橙大力三人偷偷摸進大鬍子的城堡，偷了一個硬幣。

頂瓜瓜老師帶著果果們在森林中學習種花，橙大力、菠蘿釘、貪吃果打打鬧鬧很快把澆花的水用完了，只能求助於頂瓜瓜老師。三果幾次從頂瓜瓜老師那里分到了水，他們開始好奇頂瓜瓜老師的水壺為什麼能取之不盡用之不竭。在又一次分水後，三果發現頂瓜瓜老師偷偷溜開，三果跟上，發現頂瓜瓜老師偷偷跑了不少路去河邊打水。三個果果內心愧疚，覺得自己一點都不珍惜頂瓜瓜辛苦打來的水。就在此時，頂瓜瓜老師遇到了因為家裡停水也來河邊打水的大鬍子，被抓。果果別動隊出動，在大鬍子的城堡中把頂瓜瓜老師救了出來。果果們繼續上課，橙大力他們開始珍惜用水。

菠蘿薇薇平時受到甘蔗四兄弟的追捧，唱歌五音不全而不自知，可怕的調子以為是地震，紛紛離開。菠蘿薇薇好奇為什麼自己一唱歌大家就離開，甘蔗們用模棱兩可的理由搪塞菠蘿薇薇。菠蘿薇薇無意中聽到橙大力、菠蘿釘、貪吃果三個果果的討論，才知道大家都覺得自己唱歌很難聽。受到打擊的菠蘿薇薇流著眼淚來到森林中獨自練習，難聽的歌聲吵醒了在林中午睡的大鬍子。菠蘿薇薇被大鬍子抓住。大家發現菠蘿薇薇失踪，果果別動隊出動尋找菠蘿薇薇。

學校舉辦森林馬拉鬆比賽，最後一名要罰掃廁所1個月。大家都在積極準備著，但甘蔗四兄弟卻偷懶不訓練。真正比賽時，甘蔗四兄弟設置陷阱、破壞規則，想陷害橙大力、菠蘿釘、貪吃果三個果果，結果卻弄巧成拙。無奈之下，甘蔗四兄弟偏離了賽道，跑上小路。但是賽前老師已經告誡那條路絕對不能走，因為這條神奇的小路會引發幻覺。甘蔗四兄弟遇到了因為幻覺陷入此地的大鬍子，被大鬍子捉住了。橙大力聽到了甘蔗四兄弟的呼救聲，果果別動隊出動，救出了甘蔗四兄弟。

靚莓莓是個「學習狂人」，非常熱衷於幫大家補習，大家紛紛退避三舍。靚莓莓抓住橙大力、菠蘿釘、貪吃果進行補習，但三個果果光顧著玩不認真聽課，靚莓莓很生氣。小考過後，橙大力三個果果居然都及格了，他們開始反思自己對靚莓莓太過分了，想找靚莓莓道歉，卻發現怎麼都找不到靚莓莓。橙大力三個果果進入森林尋找靚莓莓，卻遇到了大鬍子，他們誤以為靚莓莓被大鬍子抓走，幾人覺得大事不妙，前往大鬍子的城堡。

果果學院爆發流感，椰子伯要橙大力、菠蘿釘、貪吃果三個果果外出採藥回來拯救村子。同時大鬍子也患上了感冒，他要滋娃娃採藥回來。病懨懨的橙大力、菠蘿釘、貪吃果在森林裡轉了幾個來回都找不到藥草，此時精疲力竭的他們被滋娃娃發現。滋娃娃帶回了藥草，還帶回了果果，這讓大鬍子大為驚喜。橙大力表示生病的果果要是做成果醬，吃壞了顧客的肚子就不好了。大鬍子覺得有道理，決定對三個果果進行徹底的清洗。三個果果恢復了健康，果果別動隊出擊，他們引開了滋娃娃，並偷走了藥草。

果果學院中，青梅校長大小事情都幫葡萄妹做，分身乏術，終於病倒了。葡萄妹非常自責，知道森林深處的活力草能治好青梅校長的果勞病，便打算去採摘。青梅校長制止了葡萄妹，因為森林深處實在是太危險了。葡萄妹為了奶奶能早日康復，和貪吃果一起偷偷溜出去尋找活力草，可惜可惜剛找到活力草就被大鬍子發現。果果們發現葡萄妹失踪，外出尋找，發現大鬍子升起了火打算直接把葡萄妹和貪吃果做成果醬。果果別動隊出動，沒想到最後關頭，因為葡萄妹想拿到活力草而導致別動隊被抓。

天氣炎熱，果果們在教室中想各種降低溫度的方法，都無法降低炎熱的天氣。此時，果果們發現穿過果果部落的河流（母親河）中漂浮著冰塊，河水中的果汁變成了冰果汁。貪吃果率先喝起了冰果汁，覺得非常涼爽，葡萄妹和桃嘟嘟效仿，喝完後幾人出現拉肚子的症狀。椰子伯讓橙大力和菠蘿釘出發調查。橙大力和菠蘿釘來到河流上游，在河流分叉處，發現大鬍子的製冰機器，原來大鬍子把加了巴豆的冰塊傾倒進河裡，想讓果果們鬧肚子，藉機抓住果果們。果果別動隊破壞了製冰機器，讓製冰機把大鬍子凍住，破壞了大鬍子的陰謀。果果部落中，一切漸漸恢復了正常。

果果們進行捉迷藏的遊戲，屢玩屢敗的靚莓莓不服氣，約大家第二天再戰。經過一個晚上的努力，靚莓莓製作了一張捉迷藏地圖，決定找到一個最隱蔽的地方藏起來，讓大家大吃一驚。沒想到自己精心推斷的藏身地點都被果果們佔領了，靚莓莓無奈之下，躲到了最後一個地點——大鬍子的城堡，卻被大鬍子抓住。大家找不到靚莓莓，以為靚莓莓回果果部落了，結果到了晚上靚莓莓還沒有出現，大家確認靚莓莓失踪。果果別動隊出動尋找靚莓莓，別動隊根據地上撿到的捉迷藏地圖，推斷靚莓莓在大鬍子的城堡。最後他們從大鬍子的手中救出了靚莓莓。

在採摘無花果子的過程中，酸酸蔗和其他兄弟鬧翻，酸酸蔗煩透了事事都要帶著幾個「不上進」的兄弟，其餘三兄弟也受不了酸酸蔗的專制蠻橫，雙方分開。酸酸蔗決定單獨行動，證明自己一個人也可以，但實際上不怎麼勞動的酸酸蔗找不到無花果子。而沒有大哥領導的剩餘三兄弟也陷入手忙腳亂的境地。大鬍子發明了一種噴射器，可以噴射出帶有黏液的蛛網，大鬍子在森林佈置了許多粘液網。單獨行動的酸酸蔗不慎被網黏住，叫天天不應叫地地不靈。

葡萄妹熱愛分享自己的黑暗料理臭豆腐，大家紛紛退避三舍。通過橙大力菠蘿釘的背後討論，葡萄妹知道沒有人喜歡自己做的東西，非常傷心，決定離家出走。葡萄妹被大鬍子抓住，大鬍子發現葡萄妹不想逃跑，還開始幫自己製作醬料，他決定讓葡萄妹做出更多的美食，當做誘餌抓住更多果果。葡萄妹失踪，果果別動隊出動尋找葡萄妹，他們來到大鬍子的城堡，卻沒想到大鬍子設置了陷阱捕捉別動隊。在關鍵時刻，大鬍子無意中吃了葡萄妹做的臭豆腐，驚為天人，沉浸與美食帶來的愉悅中，果果別動隊和葡萄妹趁機溜走。

這天，椰子伯抓住橙大力、菠蘿釘、貪吃果講故事，讓三個果果去尋找自己埋藏的寶藏。三個果果非常興奮，拿著藏寶圖就出發了，連椰子伯的警告都沒有放在心上。三人經歷辛苦，躲過危險和食人花的追擊，終於來到了一片平時少有果果出沒的森林區域。沒想到卻遇到了正在抓鳥當晚餐的大鬍子，一邊是急需拯救的小鳥一邊是寶藏，三個果果陷入天人交戰中。最後果果別動隊還是決定先救出被抓的小鳥。果果別動隊擊敗了大鬍子，救出小鳥。

雨季到了，果果們在河邊勞動著，他們要把河邊的工具收拾好，以防漲高的河水把一切沖走。菠蘿釘的任務是把一個河面平台固定好，但菠蘿釘覺得還沒下雨，一切都可以等明天再乾，一直拖延。雨提前下了，菠蘿釘此時才急急忙忙地工作，但高漲的河水很快把平台沖走，平台帶著菠蘿釘和前來幫忙的橙大力、貪吃果沖向下游。劇烈的風雨讓菠蘿釘落水，而橙大力和貪吃果遇到了在河邊拉網抓魚的大鬍子，被大鬍子抓住。上岸的菠蘿釘變身召喚特工車，擊退大鬍子，救出橙大力和貪吃果。

大鬍子戴著新的智能手環在森林中尋找果果們，自信爆棚的他決定先回城堡準備一個大籠子，便把手環交給滋娃娃，沒想到滋娃娃不慎把手環掉落了。果果部落舉行裝飾大賽，果果們要在森林中找特別的素材裝扮自己。膽小果撿到了大鬍子的手環，特別的造型和炫光投影讓他成為大賽中最酷的果果。手環的功能讓橙大力他們覺得這個手環是人類的，很危險，希望膽小果把它放回原處。膽小果不信，不捨得把手環放回森林，他覺得大家只是不希望自己拿到冠軍。