第1集【皮卡丘誕生！】，在關都地區的某座森林裡，住著一隻孤伶伶的皮丘。年幼的皮丘將在森林裡經歷邂逅與離別。這是小智和他的搭檔皮卡丘相遇前的故事。也是所有故事的起點。

第2集【小智與小豪、乘著洛奇亞出發！】，小智和皮卡丘跟大木博士一起到枯葉市參加新寶可夢研究所的落成典禮。在那裡，他們得知傳說的寶可夢將會出沒在枯葉港的消息。為了跟牠對戰，小智和皮卡丘趕緊前往港口。同一時刻，出身於枯葉市的少年．小豪，也為了見傳說的寶可夢而來到了枯葉港…。

第3集【妙蛙草還真奇妙？】，小智和小豪成了關都地區枯葉市的櫻木研究所的特別研究員。他們第一份工作是調查妙蛙草大量出現在街上進行大遊行的原因。小智和小豪一來到街上，就發現妙蛙草們紛紛朝某個地方前進。他們將解開妙蛙種子、妙蛙草還有妙蛙花身上的謎團！

第4集【前往伽勒爾地區！與炎兔兒相遇！！】，小智和小豪聽說伽勒爾地區有寶可夢巨大化的現象。為了調查這個不可思議的現象，他們立刻朝著伽勒爾地區出發。兩人來到伽勒爾地區的宮門市，沉浸在美麗的街景中，還享用了當地的特產司康餅。就在這時，他們遇見了在街上惡作劇的寶可夢…。

第5集【卡比獸巨大化！？極巨化的謎團！！】，為了調查寶可夢巨大化的現象，小智和小豪來到了伽勒爾地區。他們在曠野地帶遇見了一隻特別大的卡比獸。另一方面，兩人昨天在宮門市遇見的炎兔兒也悄悄追著小豪來到了曠野地帶…。

第6集【收服大量寶可夢！追尋夢幻之路！！】，小豪收服了第一隻寶可夢．炎兔兒後，對收服寶可夢有了興趣。為了收服更多寶可夢，他跟小智一同前往枯葉市的森林。雖然一開始收服得不太順利，但收服綠毛蟲後，小豪就慢慢將枯葉森林的蟲屬性寶可夢都收服了。他有辦法收服關都地區所有蟲屬性寶可夢嗎？

第7集【豐緣地區的激戰！挑戰對戰開拓區！！】，小智和小豪參加了豐緣地區舉辦的對戰大賽「對戰開拓區．玻璃哨杯」。第一次挑戰寶可夢對戰的小豪，他的對手是出身於釜炎鎮的芳士。面對派出大狼犬的芳士，小豪派出了屬性上有利的飛天螳螂應戰！另一方面，不斷連戰連勝的小智，在緊要關頭派出的竟然是「那隻寶可夢」…！？

第8集【別認輸啊波加曼！神奧地區的流冰競泳！！】，小智和小豪在枯葉港遇見了一隻憔悴的波加曼。將牠帶回研究所後，發現牠的訓練家．美咲正在尋找牠的下落。令人驚訝的是，波加曼居然是從神奧地區游過來的！為了將波加曼送還給美咲，小智和小豪就這麼前往神奧地區…。

第9集【那一天的誓言！城都地區的鳳王傳說！！】，城都地區的圓朱市不斷有傳說的寶可夢．鳳王的目擊情報。小智和小豪前往圓朱市一探究竟，馬上就看到了疑似鳳王的身影！可是，那是一位名叫栗生的少年讓寶可夢假扮的冒牌貨。栗生說他無論如何都想讓祖父慈英見到鳳王。鳳王究竟會不會現身呢…！？

第10集【快龍的樂園、哈克龍的考驗！】，小智和小豪從櫻木博士那邊聽說了有一座「只有快龍棲息的島嶼」。因此他們決定出發去尋找那座島。在路上，他們兩個騎乘小豪收服的白海獅來到了海上，卻突然遇上暴風雨被捲進了海裡。就在這時，出現了好幾道身影出手救了兩人。當小智和小豪醒來後，卻發現眼前出現了一群快龍…！

第11集【小春與來電汪、還有神出鬼沒的耿鬼】，小春的父親雖然是寶可夢博士，但她卻對寶可夢沒特別有興趣。雖然家裡的來電汪很黏她，但同學們擅自認為「既然妳是寶可夢博士的女兒，一定很喜歡寶可夢吧」，這讓她有點苦惱。就在這時，讓眾人傷透腦筋的神祕耿鬼突然出現在櫻木研究所裡…。

第12集【極巨化對戰！最強王者丹帝！！】，櫻木博士拿了寶可夢世界錦標賽的門票送給小智和小豪。為了觀賞寶可夢世界錦標賽的決賽，小智和小豪前往伽勒爾地區的競技場。備受矚目的決賽是關都地區的四天王杯冠軍．阿渡VS伽勒爾的不敗冠軍．超級明星丹帝。從未輸過的丹帝，他的實力究竟有多強呢…？

第13集【小智VS丹帝！邁向最強之道！！】，為了觀看寶可夢世界錦標賽，小智和小豪來到了伽勒爾地區。就在觀眾還沉浸在阿渡和丹帝精彩對戰的餘韻中時，暴噬龜突然極巨化了！小智和小豪挺身對抗巨大的暴噬龜。就在這時，小智的皮卡丘突然被一陣紅光包圍…！？

第14集【首次來到合眾地區！遺跡裡的團體戰！！】，合眾地區的沙漠地帶度假地發現了一座名為「巨神遺跡」的新遺跡。為了解開巨神遺跡的謎團，小智和小豪一起前往合眾地區調查。他們穿越沙漠後，好不容易抵達了遺跡。但遺跡裡卻處處都是陷阱！這是古代人想警告他們別靠近巨神而設下的陷阱嗎？兩人是否能順利解開遺跡的謎團呢？

第15集【下雪的日子、卡拉卡拉的骨頭在哪裡？】，由於櫻木研究所的系統故障，小豪久違地回到了雙親和外婆住的老家。本來很高興能見到家人，但小豪的雙親卻因為工作繁忙而無法早點回家。因為雙親總是很忙，所以小豪已經習慣了沒有雙親陪伴的生活…。就在這時，小豪在住家附近的公園看到一隻被猴怪群襲擊的卡拉卡拉。雖然他和炎兔兒一起出手幫忙，但卡拉卡拉拿在手上的重要骨頭還是被搶走了。因此小豪決定跟自己的寶可夢一起幫卡拉卡拉找回骨頭！

第16集【被詛咒的小智…！】，最近櫻木研究所常會發生東西莫名其妙損壞、房間突然變得亂糟糟等奇怪的現象。而造成這一切的罪魁禍首就是…以前曾出現在研究所內的耿鬼。小智和小豪興奮地想著這次一定要收服耿鬼，就在這時，小智的情況卻突然變得不太對勁，一下拿錯杯子喝成花瓶的水，還差點從樓梯上掉下來，難道這是耿鬼的詛咒嗎…！？

第17集【炎兔兒、火焰飛踢！朝著明日邁進！！】，小智和小豪在櫻木公園進行對戰練習時，達摩狒狒突然出現還挑釁炎兔兒，叫炎兔兒使出火屬性招式給牠看。雖然炎兔兒試著使出火花，卻屢屢失敗，因此達摩狒狒不斷嘲笑牠。不甘心的炎兔兒為了使出火花而拼命練習。另一方面，小豪則是想摸索不使用火花的戰鬥方式，兩人在不瞭解彼此心情的狀態下，就這樣吵了一架…。

第18集【小智參賽!寶可夢世界錦標賽!!】，為了跟丹帝對戰，小智決定參加『寶可夢世界錦標賽』。值得紀念的第一場比賽對手是枯葉道館的代理道館館主－擅長使用電屬性寶可夢的碧絲葵絲。比賽規則是2對2的寶可夢對戰，首先是碧絲葵絲的雷丘對上小智的皮卡丘，最後贏的會是哪一邊呢？

第19集【我是百變怪!】，為了讓武藏推銷自己，火箭隊來到了電影的攝影棚外。在棚內，有一隻沒辦法好好變身，被導演罵了一頓的百變怪。沮喪的百變怪從攝影棚跑出來時，湊巧躲進了武藏的包包裡，就這樣被帶回火箭隊的基地了。看到百變怪陷入低潮，武藏決定好好鍛練牠。另一方面，小智和小豪則是到處尋找下落不明的百變怪。

第20集【小智與小豪!!朝著目標GO! 】，小智和小豪在櫻木研究所舉辦的寶可夢定向運動中，擔任領隊帶領小朋友去尋找寶可夢。兩人和小朋友一起享受寶可夢對戰和收服寶可夢的樂趣後，又重新感受到自己對夢想的熱情。就在這時，洛奇亞突然出現…！？

第21集【傳達吧波導!小智與不可思議的蛋!!】，寶可夢的蛋充滿了謎團。小智和小豪為了親眼看看寶可夢的蛋而出門尋找，但想找到蛋卻沒有那麼簡單。就在這時，他們偶然來到寶可夢中心，發現了一顆很久沒有孵化的蛋。喬伊小姐決定將蛋交給小智照顧，他們能否順利讓蛋孵出來呢？

第22集【再見了,騰蹴小將!】，小智和小豪為了調查一年中只有特定時期才能看到的稀有現象．狩獵鳳蝶的遷徙，來到了豐緣地區的未白鎮。在調查途中，小豪想收服刺尾蟲，所以請騰蹴小將幫忙，可是騰蹴小將卻無視了他。騰蹴小將的冷淡態度讓小豪受到了打擊。當晚，騰蹴小將離開了小智和小豪過夜的寶可夢中心，牠究竟打算去哪裡呢…？

第23集【櫻木公園陷入大騷動!!】，櫻木公園最近似乎不太平靜。明明有餵寶可夢食物給寶可夢們吃，但那些食物卻憑空消失，害肚子餓的寶可夢們開始吵了起來！小智和小豪為了揪出犯人，決定在櫻木公園過夜。寶可夢們的爭吵越演越烈，另一方面，公園中的盾甲繭們則是快要進化了…。

第24集【放假吧!火箭隊!!】，坂木老大突然命令火箭隊放假。正當火箭隊在神奧地區的名勝區渡假時，卻偶遇了前來進行調查的小智和小豪！火箭隊本來很開心有機會能抓住皮卡丘，但要是他們工作的話又會違反上面的命令，因此他們決定拋開所有雜念好好享受假期。就在這時，坂木的秘書真鳥率領火箭隊的精銳部隊出現在名勝區…

寶可夢，這顆行星不可思議的不可思議生物，天空、大海、森林、街道、世界上所有的地方都能看見它們的身影。這是講述在寶可夢對戰中以最強為目標的少年「小智」以及 以獲得世界上所有寶可夢為夢想的少年 「豪」兩人之間的故事。

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