一個月黑風高的夜晚，花璉村裡一女嬰出生，該女身懷異香，易招惹魔徒。游方此地的蜀山清虛道長贈送禦魔錦，讓其年滿十六後去蜀山，並賜名花千骨。花千骨平安長大，這夜父親病危，花千骨去村裡請大夫，卻引來魔徒襲擊村落。花千骨被一年輕俠士所救，原來這位名叫墨冰的俠士其實是五仙之一白子畫。

清虛一息尚存，臨死前讓花千骨做蜀山代掌門，之後再把位置傳給大弟子雲隱，重振蜀山，並贈給六界全書和蜀山劍譜。此時雲翳卻突然出現搶奪劍譜，危急時刻花千骨被突然出現的白子畫所救。但是由於被施法的緣故，花千骨不記得墨冰的模樣，只感覺此人很是面善。

深夜，花千骨的天水滴突然發光裂開，竟破出一晶瑩剔透靈蟲，她開口便喚東方彧卿和花千骨為爹娘。花千骨驚魂未定又啼笑皆非，但那靈蟲實在是可愛至極，花千骨為她取名糖寶。紫熏對白子畫的薄情憤恨不已，發誓要殺盡天下負心漢，白子畫卻不為所動。

面對食人花，從不認輸的霓漫天也束手無策，混亂中花千骨割破了手指用一滴血戰勝了食人花。東方彧卿擔心花千骨，一路跟了過來也報名參加了長留考核，花千骨十分感動。然而考核並沒有相像的那麼簡單，夜深人靜時，一陣迷煙讓大家進入了須彌幻境。

除了此次考核過關的十一人，眾多弟子中還出現了免考的特招生，他名叫孟玄朗。輕水對孟玄朗一見鍾情。十二人在驗生石上滴上血的時候，花千骨的卻出現異常，白子畫進行掩飾，以免被摩嚴發現她是自己的生死劫而動殺機。花千骨終於考進長留開始了新的生活。

花千骨始終不會禦劍，孟玄朗也是掉車尾，二人一起練劍成為好友。這日花千骨從飛劍上摔下來，幸得白子畫相救。這時雲隱收到白子畫傳信趕來長留，接花千骨回蜀山。花千骨想起清虛道長囑託，只得答應回蜀山平定一切。

花千骨功力大大不足，發愁為難之際東方彧卿出現。東方彧卿表示要贏清揚也不是完全不可能，他在古籍上看過一種“逆轉劍法”，可以讓人瞬間提升功力。花千骨靠著東方彧卿所教的“逆轉劍法”打贏了清揚長老，準備在清虛葬禮之後，正式繼任蜀山掌門。

東方彧卿也不願意拋下花千骨離開，說要同生共死。他幫助蜀山弟子佈置陷阱與攻防，設下陣法。但魔教攻來，魔徒曠野天特別擅長機關術，一一 破解東方彧卿設下的陣法，蜀山還是節節退敗。花千骨不願看到塗炭生靈，要單春秋跟自己單打獨鬥，若能接下三掌，單春秋就必須撤兵，若不能，就將宮羽拱手相讓。

花千骨大事辦妥，趕回長留，殺阡陌擔心她的安危，暗中一路護送。回到長留，眼看就要迎來仙劍大會，花千骨刻苦練劍，立志在仙劍大會上奪得第一，並拜拜白子畫為師。白子畫卻明確告訴她，不論如何，自己將不會收她為徒。花千骨還是鍥而不捨地練習。

仙劍大會即將開始，孟玄朗卻被急召離開，原來他的身份是蜀國的二皇子。老皇帝病危，急著見他最後一面，輕水和花千骨依依不捨與孟玄朗惜別。東方彧卿也前來參加仙劍大會，白子畫懷疑他的身份，開始調查。

霓漫天沒想到花千骨會成為自己獲勝最後決賽的對手，發誓無論如何也要贏她，同時她的父親霓千丈還賜予她家傳寶劍來對敵。殺阡陌擔心花千骨安危，深夜潛入，替花千骨療傷。仙劍大會決賽，一場苦戰，花千骨身受重傷，但一直堅持到最後，與霓漫天一同掉下水面。

花千骨暈倒醒來，發現自己竟已到了絕情殿，從此開始了和白子畫在絕情殿的生活。白子畫讓花千骨好好療傷，不能隨便使用內力，並將七絕譜傳授給她。七絕譜是長留至寶，記載著天底下一切的知識武功，花千骨學得如饑似渴。她終於有了家的感覺，每天擦地澆花，打掃衛生，為白子畫端茶做飯。

霓漫天對花千骨百般欺辱挑釁，糖寶由於她貪吃冰蓮，竟然化作人形趕走霓漫天。花千骨這段時日從七絕譜裡學了很多東西，白子畫還親自教她彈琴。其間殺阡陌來長留看她，帶她出去玩。看著花千骨，殺阡陌仿佛覺得妹妹琉夏再世。

花千骨練習觀微之時，還不小心看到白子畫洗浴，心中惴惴不安。一直深愛白子畫的夏紫薰對花千骨又氣又恨，卻無可奈何。 落十一帶領新弟子下山歷練，白子畫要他查出陷害花千骨的內奸，並交代花千骨路上小心。

兩人都給花千骨發了第二天一起用膳的請帖。不料第二天花千骨卻回避兩人，來到上街給窮人看病。輕水來到孟玄朗處，卻鬧了大烏龍。 孟玄朗裝病，請花千骨來為其問診，東方彧卿也不甘落後，假裝染恙。花千骨一氣之下，給二人開了瀉藥。二人一時哭笑不得。

七殺殿給幾大門派同時發出戰帖，三尊下令讓他們結束歷練，趕往太白門支援，防止魔道來襲。花千骨和眾同門趕往太白山。 卻原來，其他幾大門派只是擾亂視聽，魔徒最後全力攻擊的是太白山。大兵壓境，太白力不能敵，還好花千骨身上有白子畫的流光琴，可以拖延一二。

第二天的酒宴上，各派掌門，還有夏紫薰、孟玄朗等人均數到場。輕水對孟玄朗表白，卻被拒絕。花千骨作為最大的功臣，深得眾人讚譽，霓漫天吃醋嫉妒，故意給花千骨灌酒，然後挑撥她跟夏紫薰鬥香。夏紫薰是仙界頂級的調香高手，根本沒將花千骨放在眼中，卻沒想到三輪比試下來，竟然輸給了花千骨。

夏紫薰因為在酒宴上出醜，遷怒於霓漫天，霓漫天爭辯自己才是最恨花千骨的人，最後跟夏紫薰達成一致，答應幫助夏紫薰監視花千骨。白子畫帶花千骨回到長留山，弟子出山歷練一趟，都需要再經受三生池水的考驗，可是如今，霓漫天心中的貪，輕水心中的癡，花千骨心中的情，都讓他們遭受到三生池水的劇烈腐蝕。

夏紫薰用計奪驗生石不成，耗費一半功力強闖絕情殿。這才發現花千骨竟然是白子畫的生死劫。夏紫薰大怒，不顧白子畫的阻攔衝去殺花千骨，卻不料東方彧卿突然擋在花千骨身前，替她受下致命一擊，性命垂危。

花千骨為情所困，開始逃避白子畫，白子畫微微失落，見花千骨心有雜念，便出言開導花千骨，並決定帶她下山歷練，增廣見聞，並尋找失蹤已久的神器憫生劍。此時輕水也因為思念孟玄朗，偷偷溜下山，到皇宮裡找尋。

孟玄朗貪玩，因思念長留山的生活，不理朝政，無心做什麼皇帝。這也導致孟玄聰有可趁之機，在賞珠宴上，孟玄聰發動政變，謀朝篡位。幸虧花千骨和白子畫趕到及時，孟玄朗才撿回一條命。同時白子畫也得知，王劍即是憫生劍，只是此時已被孟玄聰奪去。

白子畫與花千骨趕到蜀山參加傳位大典，花千骨要將蜀山掌門之位正式傳位於雲隱。各派掌門也前來觀禮。花千骨察覺雲隱似乎有些不同，心中疑惑。傳位儀式上，太白山緋顏掌門慘死，大典不得不中斷。眾人懷疑是妖魔殺了緋顏，花千骨表示一定會徹查此事。

單春秋一心想要將殺阡陌推到至高無上的地位，助他獲得神器和神器中的洪荒之力。無奈殺阡陌因為琉夏之死決心再不搶奪神器。為了讓殺阡陌忘記這段記憶，單春秋給殺阡陌吃下了行屍丹。然而行屍丹的藥效過於強烈，殺阡陌雖然忘記了琉夏，重新開始搶奪神器，但時常會陷入瘋癲發狂狀態。

白子畫帶著花千骨和糖寶前往西域韶白門查探韶白門掌門雁停沙死因。卻發現韶白門的入口隱秘在風沙之中，只有能風沙散去之後方能入內。三人好不容易等來風沙，尋得韶白門入口，白子畫卻不方便進入，原來按韶白門之門規約定，韶白門不得有男子入內，否則將處以極刑。

為了順利追查到媚兒的下落，白子畫帶著花千骨和糖寶在去蓮城之前，先轉道去看自己多年的朋友，同為五大上仙的檀凡。檀凡擁有微觀千里的能力，原本白子畫想要從檀凡這裡獲得線索，檀凡卻拒絕相告，白子畫無奈帶著花千骨和糖寶離開。

無垢上仙欲殺媚兒，花千骨奮力相救，可根本不是無垢對手，花千骨不明白無垢為何要殺媚兒，無垢才道出當年與媚兒的恩恩怨怨。白子畫被困在棋陣中不得出去，此時夏紫薰趕了過來，白子畫這才知道自己中了無垢的調虎離山之計，花千骨已經被無垢引至外面，危在旦夕。

花千骨劫後餘生，白子畫決定帶著花千骨返回蜀山。夏紫薰眼見無垢未能殺了花千骨，便決定親自動手。檀凡阻止不成，而夏紫薰將花千骨打得重傷，自己也被白子畫所傷。夏紫薰身受重傷，危在旦夕。檀凡向異朽君求救，異朽君告知唯有耗盡功力相救才行。

夏紫薰因此而受到刺激，瘋極入魔，並下定決心要殺花千骨，不惜與七殺殿的單春秋合作，裡應外合，先是夏紫薰告知玉濁峰掌門溫豐予七殺殿將來攻打，玉濁峰早作埋伏。就在溫豐予以為自己可以一舉殲滅七殺殿時，卻不料夏紫薰突然出手，從其手中搶走神器卜元鼎。

白子畫救回花千骨，眼見蔔元鼎便要將兩人吞噬，白子畫欲將花千骨推出，哪知花千骨卻不肯放下白子畫一人，將白子畫也帶了出去。出去以後，白子畫和花千骨遭到單春秋等人的追殺，眼看就要不敵，此時綠鞘帶著異朽閣的人前來相救，這才使得花千骨和白子畫暫時脫險。

白子畫不想讓花千骨再為自己浪費血，便讓花千骨安心準備仙劍大會。花千骨一心準備仙劍大會，並且每天去看望白子畫，給白子畫送吃的。但白子畫卻始終讓她把吃的放在外面，不讓她入內。這天花千骨再次來送吃的，白子畫毒性再次發作，花千骨欲效法之前放血救白子畫，卻被白子畫狠心趕了出去。

花千骨一邊練劍，一邊繼續給白子畫送桃花羮。很快將迎來仙劍大會，霓漫天威脅花千骨，若輸給自己便不將花千骨傾心白子畫的秘密說出去。花千骨在仙劍大會上有意輸給霓漫天，霓漫天卻仍想洩露秘密，以此徹底將花千骨排擠出長留，花千骨一時間動了殺機，卻被白子畫發現，再次受其重罰，白子畫從此不願再見花千骨。

霓漫天憑著花千骨的手絹欺辱花千骨，正好被東方彧卿和糖寶撞見。東方彧卿問起花千骨被欺負原因，花千骨道出自己的手絹被霓漫天偷去了，這才處處受霓漫天牽肘。 東方彧卿決定幫花千骨拿回手絹，夜闖霓漫天臥室。

花千骨再上絕情殿，白子畫終究控制不住自己的毒性，瘋狂入魔，一口咬住了花千骨。這一幕正好被弟子李蒙看見，誤以為花千骨和白子畫有不倫。為了不讓師父的名聲受損，花千骨不得已將李蒙關了起來。隨後，花千骨向殺阡陌求助，學習禁術磨掉了李蒙的記憶，並且也抹掉了白子畫的記憶。

花千骨帶著朔風前往蓬萊盜取神器，途中遇上人間的中元節，兩人一起放水燈祭奠先祖，朔風卻告訴花千骨自己根本沒有親人。就在兩人準備要前往蓬萊時，東方彧卿趕上，不顧花千骨反對要求同往。三人一起趕往蓬萊，用幻思鈴控制住蓬萊掌門霓千丈，使得霓千丈交出了手中神器。

花千骨等人闖九霄塔，三人闖至塔頂，發現神器被上古神獸所守護，綠鞘以自己的生命為代價封印住了神器，盜走了玄鎮尺。花千骨、東方彧卿和朔風將綠鞘的屍首送回異朽閣，並將其火化。送別綠鞘之後，花千骨和朔風便前往七殺殿問殺阡陌接謫仙傘。

花千骨和朔風來到空地上準備解開神器封印，喚回炎水玉，卻發現朔風便是炎水玉的一角。朔風為成全花千骨，犧牲自己的性命，使得炎水玉全部歸位。花千骨匆匆趕回絕情殿，卻找不到白子畫，正要離開時，被摩嚴等人團團圍住。

花千骨進入墟洞之中才發現，所謂的洪荒之力原來在一個被囚禁多年的少年身上，要想毀掉洪荒之力，必須殺了少年。花千骨想起白子畫教導過自己要一心向善，花千骨決定放棄殺人，而是選擇教導少年向善，並為其取名南弦月。

仙牢之中，白子畫問花千骨為何要盜取神器，花千骨卻不願說出真正原因，並撒謊說是受殺阡陌之命潛入長留，甘願承擔所有過錯，並求白子畫放過南弦月，白子畫答應。花千骨將朔風留給霓漫天的傳音螺讓白子畫轉交。霓漫天拿到朔風的傳音螺，才知道朔風已化作炎水玉。

花千骨被罰受九九八十一根消魂釘之刑，花千骨被十八根消魂釘折磨得已只剩下半條命。 然而讓她更肝腸寸斷的是，白子畫言教不嚴師之過，提起贈她的斷念劍，親自執行刑法。白子畫整整一百零一劍，挑斷花千骨所有筋脈氣穴，花千骨完全變成廢人一個，關入監牢。

東方彧卿四處感知不到花千骨的存在，甚至用盡一切力量也無法知曉白子畫將她藏在哪裡。東方彧卿跟異朽閣作交換，決定前去蠻荒營救花千骨。離開前，東方彧卿放任一直被其控制在異朽閣的東華自由離開。

花千骨與睚眥獸搏鬥，竹染便是要借此激發出花千骨體內的洪荒之力。花千骨的力量被激發出來後，白子畫便遭到反噬。花千骨打敗了睚眥獸，本想殺了它，卻終究不忍心。東方彧卿與異朽閣作交換，尋找解救花千骨的辦法，而代價便是五識盡喪，不得好死。

竹染一面努力破除白子畫給花千骨下的封印，一面利用花千骨一統蠻荒。最後竟妄圖用禁術犧牲三千人的性命，打開回來的密徑。 花千骨發現後大怒，斬其小指以示警告。本以為回到長留無望，卻沒想到就在大家都非常絕望的時候，殺阡陌在蠻荒之外打開通往蠻荒的窮極之門，放花千骨出來。

當花千骨和東方彧卿趕來時，殺阡陌已經將七殺殿的大門緊閉。花千骨為了進去見殺阡陌，激發體內洪荒之力打開七殺殿的大門，白子畫再次遭到反噬，才知道花千骨已經從蠻荒逃出。花千骨終於見到殺阡陌，發現殺阡陌因為救自己而蒼老不堪，花千骨悲慟萬分，將殺阡陌打暈暫時冰封在冰棺中，伺機救回殺阡陌。

花千骨教幽若做桃花羮。花千骨跟著幽若一路來到絕情殿，發現白子畫跟幽若宛若當年的自己，內心悲痛不已，以為白子畫就要重新收徒。白子畫的收徒大大典開始，花千骨還是忍不住前去觀摩，但在關鍵時刻再看不下去轉身離開，為此傷心不已，即便東方彧卿相勸也無濟於事。

東方彧卿為照顧花千骨，自己下起了廚，花千骨再次發現東方彧卿的異常，東方彧卿卻始終不願意說出真相。摩嚴為了懲治花千骨，故意以糖寶的性命威脅落十一向糖寶放出假消息，稱南弦月被關在九霄塔。

花千骨和東方彧卿趕到長留，發現南弦月已經被行刑，花千骨執意救人，眼見就要成功，白子畫卻突然趕了回來。花千骨不願對白子畫出手，卻沒想到摩嚴突然出手偷襲花千骨，東方彧卿為救花千骨，擋下這致命一擊而亡。

花千骨被困期間，幽若來陪花千骨，直到將她的心一點點融化，花千骨開始真正教幽若練功，成為幽若的師父。竹染為了向摩嚴復仇，不惜挑起七殺殿和各派的鬥爭，並且向各派下了戰書。糖寶一心想要尋找花千骨下落並救出她。終於，糖寶想到跟蹤幽若的辦法，找到了花千骨。

花千骨眼看糖寶被殺，萬念俱灰衝破封印，白子畫再次被反噬倒下。落十一因為糖寶之死而自殺。摩嚴帶人攻打七殺殿，才發現原來竹染對自己如此怨恨已深，因為自己竟是他的親生父親。花千骨入主七殺殿之後，七殺殿異軍突起，而竹染憑藉她扶搖直上，幾乎成了七殺殿之主。

白子畫認為小骨變成如今這樣，他該負有極大責任。他依然盡一切能力去感化她。因為他心底裡相信，花千骨的單純善良是不會抹滅的。花千骨將白子畫困在七殺殿，白子畫悉心教導她，試圖喚回其純真的本性。可花千骨本性未失，她要的只是得到白子畫的承認而已。但白子畫終究無法面對兩人的感情。

花千骨心下感動，決定控制體內的洪荒之力，不讓白子畫失望。而輕水在宮中時好時壞，孟玄朗依然悉心照顧。花千骨發現了白子畫手臂上的絕情池水的傷疤，可白子畫終究不願意承認自己對她的愛，他當著花千骨的面剜去傷疤。導致花千骨傷心欲絕。