第1集【樹林奇遇記】一行人躲到愛波小時候成長的農舍生活，並且照顧昏迷的李奧。沼澤黏液吸收了李奧的嘔吐物而突變。李奧受此刺激而振作起來，打敗了怪物。

第2集【多納的豔遇】多納救了被指頭追殺的大腳，大腳因而愛上多納。這時多納也明白自己糾纏愛波就好像大腳糾纏他一樣。

第3集【埋藏的祕密】地下室裡的太空船，藏了被冷凍的愛波媽媽。但這其實是擁有愛波媽媽記憶的突變實驗，它把所有人吃下，最後只剩下愛波與怪物的大對決。

第4集【突變蛙】米開遇見突變蛙拿破崙，突變蛙族人以為米開被人類奴役，抓回了愛波跟凱西。米開在拿破崙的幫助下救出大家。

第5集【夢境水獺】忍者龜受到夢境水獺的糾纏，眼看生命元氣就要被吸光，凱西不顧一切破壞夢境裝置，救回奄奄一息的忍者龜。

第6集【與速度魔王賽車】馬路上出現專門逼車的速度魔王。 多納被速度魔王吃下肚，凱西為了救出多納，決定跟速度魔王賭上自己跟一切。

第7集【喀邁拉】速度魔王爆炸後，突變劑製造出一隻魚鳥蟲怪.看到怪物眼中一切的愛波利用這能力鼓勵李奧.李奧因為這次的啟發，重新恢復了元氣與自信。

第8集【視覺探索】大家去森林做精神鍛鍊，得到史林特精神的啟發，化為風林火山四大精神並在精神境界對抗致命敵人,他們認為自己已經準備好，可以回紐約了。

第9集【回到紐約】紐約完全被克朗控制，失去神智的史林特被大腳忍者帶走。忍者龜闖入許瑞德巢穴,愛波利用心靈能力喚醒史林特。

第10集【獵蛇行動】史登可跟柴克抓辛去跟許瑞德談條件，但是過程中，辛被忍者龜解救，許瑞德非常憤怒，決定讓這兩個人變成突變怪物，以懲罰他們。

第11集【豬與犀牛】變成豬跟犀牛的史登可與柴克碰上了也在找辛的忍者龜. 忍者龜對辛用反突變劑，但是失效了，辛因此被豬跟犀牛捉回去，交給許瑞德。

第12集【拯救紐約（上）】忍者龜意外遇到猛煞為主的突變動物，得知克朗要對地球發射突變飛彈意見分歧的兩方決定攜手合作，阻止飛彈發射，並進入X次元拯救紐約人。

第13集【拯救紐約（下）】突變動物跟忍者龜攜手合作，米開到了X次元之後又變成天才，屢次化解危機，並且成功讓紐約人變回來並傳送回地球。

第14集【凱西瓊斯對抗地下社會】凱西意外發現許瑞德正在進行一項化學計畫。雖然毀了許瑞德的化學槽，但卻也終於查清楚，許瑞德正在進行心靈控制的配方。

第15集【噁毒復仇者】一名突變者在紐約市成為頭號罪犯英雄。

第16集【突變動物危機】許瑞德綁架突變動物。

第17集【猛多壁虎】米開跟凱西因為對抗壁虎而成為朋友。

第18集【致命蛇毒】史塔曼使用怪蟲控制辛讓她只聽令於史瑞德去對付忍者龜。辛對所有人下毒，但李奧納多跟史林特利用了古老的護身咒語,成功對抗辛的蛇毒。

第19集【時光旅行】未來世界的雷娜來找忍者龜幫忙對付邪惡的時間大師薩凡提羅曼羅，事成後要回到現代世界時，卻遇到了時間干預。

第20集【妖怪物語】忍者龜來到現代的日本，見到了年輕時的史林特跟許瑞德,不小心改變了歷史，造成自己即將消失的危機，他們必須想辦法阻止這一切的發生。

第21集【巨怪許瑞德來襲】搖滾萬歲做出了一隻巨大的突變怪，巨怪許瑞德。巨怪攻擊紐約，忍者龜得設法找出他的弱點才能擊倒他。

第22集【末日怪物】多納保存的蛇草跟其他突變怪吸收了解毒劑而變成超級恐怖的怪物草。大家必須仰賴米開的記憶能力，靠著他用記憶做出的解毒劑拯救多納。

第23集【四重陷阱】忍者龜們被不知名的敵人引誘而落入致命的陷阱中。

第24集【下水道的恐龍!】拉斐爾交了一個新朋友，叫左格，是一隻外星人三角龍，放進他嘴巴的東西，他通通都可以咬碎。

第25集【殲滅地球! 上集】忍者龜得知克朗回歸的消息，他們明白會有更大的威脅即將入侵地球!

第26集【殲滅地球! 下集】忍者龜得知克朗回歸的消息，他們明白會有更大的威脅即將入侵地球!